为什么Python脚本的第二行会影响pip的安装方式？

Question

问题：pip3 install和setuptools以一种意想不到的方式阻止了shebang shell脚本。我试图了解它是如何工作的以及如何控制它。

会发生什么：在macOS 10.13上，我使用macports安装的Python 3.5。我已经开发了Python 3软件包，目前可以通过以下简单的过程进行安装：

git clone https://github.com/project/mypackage.git
cd mypackage
sudo pip3 install .

包的setup.py包含以下内容：

scripts = ['bin/somescript'],

每个这样的脚本都有以下第一行：

#!/usr/bin/env python3

今天，我发现pip3在安装过程中以一种依赖于脚本的第二行的方式管理shebang线。特别是，如果我的脚本的开头是这样的，

#!/usr/bin/env python3
#
# some comments here

然后pip3 install用#!/usr/bin/X11/python3替换第一行，这在我的系统上恰好是完全错误的。但是，如果我的脚本的开头是这样的：

#!/usr/bin/env python3
# some comments here

pip3 install用不同的（此时正确）路径#!/opt/local/bin/python3替换shebang行。

我的问题：基本上，为什么会发生这种情况？

1. 为什么脚本的第二行会改变行为？
2. pip3 install如何选择使用哪种解释器？
3. 为什么尝试使用/usr/bin/X11/python3（我的系统上不存在）？
4. 如何更改行为或完全停止调整？