已安装的Python升级和已删除的Apple OS软件包

Question

我将我的原生python 2.7升级到Python 2.7.15，现在当我执行pip freeze时，我的MacOS附带的所有本机包都消失了。

这是否有关，如果有，我该怎么办。没时间机器备份。

我知道触摸原生python是一个禁忌，但没有意识到升级会删除所有包。