Question

我在umap-learn上安装了mac OS，并尝试使用r markdown文件在rPython文件中使用它，如下所示：

http://blog.schochastics.net/post/using-umap-in-r-with-rpython/#fn1

但是当我运行以下代码时：

```{r}
umap <- function(x,n_neighbors=10,min_dist=0.1,metric="euclidean"){
  x <- as.matrix(x)
  colnames(x) <- NULL
  rPython::python.exec( c( "def umap(data,n,mdist,metric):",
              "\timport umap" ,
              "\timport numpy",
              "\tembedding = umap.UMAP(n_neighbors=n,min_dist=mdist,metric=metric).fit_transform(data)",
              "\tres = embedding.tolist()",
              "\treturn res"))

  res <- rPython::python.call( "umap", x,n_neighbors,min_dist,metric)
  do.call("rbind",res)
}

data(iris)
res <- umap(iris[,1:4])
```

我收到错误：

python.exec中的错误（python.command）：没有名为umap的模块

所以，显然Rstudio没有看到umap。我检查了包裹是否由conda list安装：

umap-learn                0.2.3                    py36_0    conda-forge

我该如何解决？

更新

python的版本错了，所以我添加了.Rprofile并指出了正确的版本，但错误仍然存在。

system("python --version")
Python 3.6.5 :: Anaconda, Inc.

更新

更详细的错误（堆栈跟踪）：

 Error in python.exec(python.command) : No module named umap
 4.stop(ret$error.desc)
 3.python.exec(python.command)
 2.rPython::python.call("umap", x, n_neighbors, min_dist, metric)
 1.umap(iris[, 1:4])

Answer 1

您需要确保umap可用于R中使用的相同Python，默认情况下不会是您的Anaconda安装。

您可以使用system("python --version")检查您的Python，如果需要，请转到cmd行并执行pip install umap或pip3 install umap等（以使用当前可用的Python;或者您可以switch你的Anaconda Python的Python路径。）

无法使用rPython导入包

1 个答案: