R markdown循环中的绘图不起作用

Question

我尝试在for中使用R markdown循环，但由于某种原因它无效。这是代码：

```{r}
for (i in 1:length(endothelial_ids)) {
    id <- endothelial_ids[i]
    sym <- neuron_symbols[i]
    VlnPlot(object = seurat_object, features.plot = id, do.return = TRUE) + labs(title = sym)
    renderPlot({
      fp <- FeaturePlot(object = seurat_object, features.plot = id, cols.use = c("grey", "blue"),
                            reduction.use = "tsne", do.return = TRUE)
      lapply(fp, function(x){x + labs(title = sym)})
    })
}
```

没有for循环，代码正常工作，生成的.html报告文件看起来不错。

在控制台中，我看到几个警告：

  

输出文件：/private/var/folders/hq/5ygqq7yn2hd0ln4kznxvx5j80000gn/T/Rtmpj7bedl/cell_type_assignments.knit.md

     

file.rename中的警告（from，to）：     无法重命名文件＆＃39; / private / var / folders / hq / 5ygqq7yn2hd0ln4kznxvx5j80000gn / T / Rtmpj7bedl / file613d370b37d8_files / figure-html＆＃39; to＆＃39; / private / var / folders / hq / 5ygqq7yn2hd0ln4kznxvx5j80000gn / T / Rtmpj7bedl // private / var / folders / hq / 5ygqq7yn2hd0ln4kznxvx5j80000gn / T / Rtmpj7bedl / file613d370b37d8_files / figure-html＆＃39;，reason＆＃39; No这样的文件或目录＆＃39;   file.rename（from，to）中的警告：     无法重命名文件＆＃39; / private / var / folders / hq / 5ygqq7yn2hd0ln4kznxvx5j80000gn / T / Rtmpj7bedl // private / var / folders / hq / 5ygqq7yn2hd0ln4kznxvx5j80000gn / T / Rtmpj7bedl / file613d370b37d8_files / figure-html＆＃39;到＆＃39; / private / var / folders / hq / 5ygqq7yn2hd0ln4kznxvx5j80000gn / T / Rtmpj7bedl / file613d370b37d8_files / figure-html＆＃39;，原因＆＃39;没有这样的文件或目录＆＃39;

     

创建的输出：/private/var/folders/hq/5ygqq7yn2hd0ln4kznxvx5j80000gn/T/Rtmpj7bedl/file613d370b37d8.html

任何建议都将不胜感激。

  

更新

如果我将VlnPlot包裹在print()函数中，则会绘制它，但不会FeaturePlot：

  print(VlnPlot(object = seurat_object, features.plot = id, do.return = TRUE) + labs(title = sym))
  print(renderPlot({
  fp <- FeaturePlot(object = seurat_object, features.plot = id, cols.use = c("grey", "blue"),
                            reduction.use = "tsne", do.return = TRUE)
  lapply(fp, function(x){x + labs(title = sym)})
  }))

代替FeaturePlot我在报告中看到以下内容：

如果我删除renderPlot()函数并将lapply()包裹在print()中，它会打印两个图而不是一个：原始错误标题和最终正确标题。因此，我需要一种方法来避免打印仅从代码中发生的原始文件：

fp <- FeaturePlot(object = seurat_object, features.plot = id, cols.use = c("grey", "blue"),
                            reduction.use = "tsne", do.return = TRUE)