从r中的Tocher的clustring方法创建数据框

Question

我用“biotools”包来计算Tocher的聚类。数据有17个品种，分为6个类别。代码和结果如下。

data(garlicdist)   
   garlic <- tocher(garlicdist)   
   garlic


>  Tocher's Clustering 

$`cluster 1`
[1] 8  9  12 4  10 2  7  15

$`cluster 2`
[1] 1  6  14

$`cluster 3`
[1] 11 13

$`cluster 4`
[1] 3 5

$`cluster 5`
[1] 16

$`cluster 6`
[1] 17

现在我想从这个Tocher的聚类中创建一个矩阵数据，其中各种类型将按顺序排列，聚类名称和聚类编号将根据图片“品种分布”中显示的以下数据进行放置。{{3 }}

如果有人帮我这样做，我将不胜感激。

Answer 1

我认为您需要data.frame / tibble，而不是矩阵，因为您通常不使用cluster字符列（在预期结果中）进行计算。您的群集列表位于garlic$clusters。

1. 将NAs添加到列表中的每个向量，以便每个向量具有相同的长度。
2. 将它们组合成一个矩阵。强制矩阵切换
3. 将它们折叠为成对的名称和值
4. 通过提取cluster
中的数字来添加一列cluster_no
5. 删除NAs

最终代码：

library(biotools)
library(tidyverse)
library(stringr)

data(garlicdist)   
garlic <- tocher(garlicdist)
cluster_df <- garlic$clusters %>% 
  sapply("length<-", n = max(length(.))) %>% 
  as_tibble() %>% gather(cluster, variety) %>% 
  mutate(cluster_no = str_extract(cluster, "[:digit:]+")) %>% 
  drop_na()