按一个字段合并行

Question

我有一个这样的文件：

readA    chr1    229665946 229666155 +  ABCB10  NM_012089   exon6
readA    chr1    229667383 229667478 +  ABCB10  NM_012089   exon7
readA    chr1    229675203 229675338 +  ABCB10  NM_012089   exon8
readB    chr2    229675000 229675888 +  KGB09   NM_022158   exon2

我希望将它合并到第一列，如下所示：

readA    chr1    229665946 229675338 +  ABCB10  NM_012089   exon6,exon7,exon8
readB    chr2    229675000 229675888 +  KGB09   NM_022158   exon2

所以第一列和染色体位置合并，我试图通过awk或bedtool合并解决这个问题，但失败了。有人可以帮帮我吗？非常感谢！

Answer 1

以下内容对您有帮助。

awk '{a[$1]=a[$1]?a[$1] OFS $NF:$0} END{for(i in a){print a[i]}}' OFS=,   Input_file