Question

我正在创建一个闪亮的应用程序，显示使用ggplot创建的火山图。为了增加用户交互性，我开始尝试使用plotly。原始ggplot由另一个包提供，因此我使用ggplotly将此绘图转换为plotly。然而，这是有效的，我注意到在绘图的图例中，图形上将布尔值（TRUE，FALSE）更改为数值（1,0）。

我必须做什么才能在图例中像ggplot一样显示布尔值？

到目前为止，我所做的研究只涵盖了传奇的风格，但我还没有找到这个特定问题的答案。

最小例子

使用以下数据集，在x轴上绘制b，在y轴上绘制-log10(qval)，并按significant绘制颜色。

        target_id          qval             b significant
1     AT2G33830.2 1.703189e-167  2.256506e+00        TRUE
2     AT2G35810.2 4.202545e-107 -1.667441e+00        TRUE
3     AT2G23820.1  1.413239e-59 -6.503380e+00        TRUE
4     AT2G33830.1  1.269998e-48  2.124706e+00        TRUE
5     AT2G25964.1  2.555293e-32 -1.152527e+00        TRUE
6     AT2G26740.1  1.106960e-30  3.234900e+00        TRUE
28246 AT1G65040.6  9.998811e-01  5.752283e-05       FALSE
28247 AT1G73430.2  9.998811e-01  8.065345e-05       FALSE
28248 AT2G47020.3  9.998811e-01  7.621082e-05       FALSE
28249 AT3G62840.1  9.998811e-01  1.335211e-05       FALSE
28250 AT5G23090.3  9.998811e-01  1.447117e-04       FALSE
28251 AT5G03830.2            NA -1.856909e-01          NA

R代码：

p <- ggplot(sample, aes(b, -log10(qval)))
p <- p + geom_point(aes(colour = significant))
p

显示

但是当我使用ggplotly(p)时，会显示以下内容

Answer 1

最简单的方法就是将该列转换为文本列 - 然后用图表赢得触摸它。如果您不想对数据本身这样做，可以在绘图对象中修改它：

p <- ggplot(sample, aes(b, -log10(qval)))
p <- p + geom_point(aes(colour = significant))

p$data$significant <- as.character(p$data$significant)

ggplotly(p)

升级ggplot2

如果您通过ggplot2将devtools::install_github('hadley/ggplot2')版本升级到GitHub上的版本：

ggplot2     * 2.2.1.9000 2018-05-02 Github (hadley/ggplot2@4635bbb)
plotly      * 4.7.1      2017-07-29 CRAN (R 3.4.3)

然后没有问题，因为@Maurits Evers在下面描述。

sample <- read.table(text = "target_id,qval,b,significant
AT2G33830.2,1.703189e-167,2.256506e+00,TRUE
AT2G35810.2,4.202545e-107,-1.667441e+00,TRUE
AT2G23820.1,1.413239e-59,-6.503380e+00,TRUE
AT2G33830.1,1.269998e-48,2.124706e+00,TRUE
AT2G25964.1,2.555293e-32,-1.152527e+00,TRUE
AT2G26740.1,1.106960e-30,3.234900e+00,TRUE
AT1G65040.6,9.998811e-01,5.752283e-05,FALSE
AT1G73430.2,9.998811e-01,8.065345e-05,FALSE
AT2G47020.3,9.998811e-01,7.621082e-05,FALSE
AT3G62840.1,9.998811e-01,1.335211e-05,FALSE
AT5G23090.3,9.998811e-01,1.447117e-04,FALSE
AT5G03830.2,NA,-1.856909e-01,NA", sep = ",", header = TRUE)
library("plotly")

p <- ggplot(sample, aes(b, -log10(qval)))
p <- p + geom_point(aes(colour = significant))
ggplotly(p)

Answer 2

我无法在plotly_4.7.1上重现您的问题：

# Sample data
df <- read.table(text  =
    "        target_id          qval             b significant
1     AT2G33830.2 1.703189e-167  2.256506e+00        TRUE
2     AT2G35810.2 4.202545e-107 -1.667441e+00        TRUE
3     AT2G23820.1  1.413239e-59 -6.503380e+00        TRUE
4     AT2G33830.1  1.269998e-48  2.124706e+00        TRUE
5     AT2G25964.1  2.555293e-32 -1.152527e+00        TRUE
6     AT2G26740.1  1.106960e-30  3.234900e+00        TRUE
28246 AT1G65040.6  9.998811e-01  5.752283e-05       FALSE
28247 AT1G73430.2  9.998811e-01  8.065345e-05       FALSE
28248 AT2G47020.3  9.998811e-01  7.621082e-05       FALSE
28249 AT3G62840.1  9.998811e-01  1.335211e-05       FALSE
28250 AT5G23090.3  9.998811e-01  1.447117e-04       FALSE
28251 AT5G03830.2            NA -1.856909e-01          NA", header = T, row.names = 1)

# Plot
p <- ggplot(df, aes(b, -log10(qval)))
p <- p + geom_point(aes(colour = significant))
ggplotly(p);

在ggplot / plotly图例中显示布尔值而不是数字

2 个答案: