我有一个如下数据框,
> df
A B C D E
1 1 2 3 4 5
2 4 5 6 7 7
3 7 8 9 8 9
其中行是Genes,Column是Sample Ids,我想索引正常/疾病样本。正常样品是A,B,疾病样品是D& E(例如)。我有一个Phenotypic文件如下
> Pheno
sample status
1 A Normal
2 B Normal
3 C Unknown
4 D Diseased
5 E Diseased
现在我的问题是如何在' df'中对样本进行索引,例如,对于正常情况,== 0,对于基于Pheno文件分类的疾病在R中,= = 1。 (从RNAseq原始计数文件中将样本转化为正常和患病。将758个样本作为列,将556789个基因作为行进行索引)希望我很清楚,如果你可以帮助我,那就太棒了。非常感谢你的帮助
此致
祝你有个美好的一天,
戴夫。