Question

所以，这个问题是上一篇文章Python-script, which should translate 1000 DNA-Sequences to proteins by 1152 different codontables, don't work的延续。从那时起我在PyCharm编辑了脚本，现在这个脚本看起来很像：

import yaml
file = open('/home/ihor/Документи/біоінформатика/DNA_Sequence72 - Копія.py', 'r')
DNA = file.read()
DNA_Sequences = DNA.split(',')
Genetic_Codes = open('/home/ihor/Документи/біоінформатика/Genetic_Codes.py', 'r')
Genetic_Codes = Genetic_Codes.read()
Genetic_Codes_list = Genetic_Codes.split('\n')
for row in range(1152): #for str in list[Genetic_Codes_list] in range(1152):
    Alternative_Genetic_Codes = Genetic_Codes_list.pop(0)
    for line in range(1000):
        dna = DNA_Sequences.pop(0)
        codontable = yaml.load(Alternative_Genetic_Codes)
        codontable_sequence = ""
        for i in range(0, len(dna)-(3 + len(dna) % 3), 3):
            if codontable.get(dna[i:i + 3], codontable_sequence) == "_":
                break
            codontable_sequence += codontable.get(dna[i:i + 3], codontable_sequence)
        print(list([codontable_sequence]))

现在这个脚本只有一个错误：

IndexError：从空列表中弹出

在调试器中研究变量之后，我看到，行DNA_Sequences中的变量DNA_Sequences = DNA.split(',')被分配了值＆＃39; []（空列表）＆＃39;。我的脚本将1000个DNA序列的字符串列表仅转换为1个密码子（字典），但是我希望，这个脚本在一次运行中通过1152个不同的密码表将1000个DNA序列的字符串列表转换为蛋白质。我阅读了很多有关此错误的教程和其他来源，列表等，但我没有找到解决问题的方法。所有其他变量完全没问题。如何用空列表修复此错误？我非常感谢你的帮助。

Answer 1

for line in range(1000): dna = DNA_Sequences[line]从数组中删除项目，因此外部循环的第一次迭代会创建一个空数组。解决方案是按索引访问数组项而不删除它们：

ImageDataGenerator#flow_from_directory

Answer 2

你的代码毫无意义。但是，答案是检查元素是否为空，如果是这样的话。

for row in range(1152): #for str in list[Genetic_Codes_list] in range(1152):
    Alternative_Genetic_Codes = Genetic_Codes_list.pop(0)
    for line in range(1000):
        if len(DNA_Sequences) == 0:
            pass
        else:
            dna = DNA_Sequences.pop(0)
            codontable = yaml.load(Alternative_Genetic_Codes)
            codontable_sequence = ""
            for i in range(0, len(dna)-(3 + len(dna) % 3), 3):
                if codontable.get(dna[i:i + 3], codontable_sequence) == "_":
                    break
                codontable_sequence += codontable.get(dna[i:i + 3], codontable_sequence)
            print(list([codontable_sequence]))

您应该使用biopython或类似内容。

修复错误，将空列表分配给值＆＃34; DNA_Sequence＆＃34;

2 个答案: