Question

我使用child块模块化了我的插图Rmd文件，以便能够在其他Rmd文档中重用子Rmd文件。

软件包构建失败（在RStudio和R CMD build .中），并显示以下错误消息：

** installing vignettes
   ‘Vignette.Rmd’ using ‘UTF-8’ 
Warning in readLines(if (is.character(input2)) { :
  cannot open file 'child_doc.Rmd': No such file or directory
Quitting from lines 10-11 (child_doc.Rmd) 
Error in readLines(if (is.character(input2)) { : 
  cannot open the connection
ERROR: installing vignettes failed

如何构建我的包（让R找到我的孩子Rmd文件）？

示例Rmd文件：

Vignette.Rmd

---
title: "title"
author: "me"
date: "`r Sys.Date()`"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
  %\VignetteIndexEntry{title}
  %\VignetteEngine{rmarkdown::render}
  %\VignetteEncoding{UTF-8}

main doc

```{r child = "child_doc.Rmd"}
```

child_doc.Rmd：

# This is from the child doc
lorem ipsum

更新1：

https://stackoverflow.com/a/49463061/4468078表示RStudio使用package文件夹以root身份构建vignet（这可以解释为什么找不到文件）。

更新2：

如果已经创建了一个可重复性最小的示例包以及github上的发现摘要：

https://github.com/aryoda/R_pkg_knitr_child_vignette_issue

更新3：

我在knitr（https://github.com/yihui/knitr/issues/1540）打开了一个问题，但是@ user2554330已将tools命名空间标识为问题的一个原因......

更新4：

查看Duncan Murdoch开设的bugzilla bug条目：https://bugs.r-project.org/bugzilla3/show_bug.cgi?id=17416

Answer 1

这看起来像一个bug（或者可能不止一个）。我可能把它称为R中的一个错误，但它可能是knitr中的一个错误。在构建tarball时，R会将主文件复制到inst/doc，而不是子文件。 knitr然后查看它，因为它没有看到孩子，它会退出。

要获取要构建的包，只需在inst/doc中使用与子文件同名的空文件。但这还不足以通过检查。

检查包时，R会看到该子文件位于inst/doc，并因为它不是一个合适的插图而感到沮丧。所以你需要欺骗R认为它是一个。

据我所知，这是一个简单（虽然难看）的解决方法。只需将名为child_doc.Rmd的文件放入inst/doc目录即可。为了让R认为它是一个小插图，复制行

  %\VignetteIndexEntry{title}
  %\VignetteEngine{rmarkdown::render}
  %\VignetteEncoding{UTF-8}

来自主文件。否则，内容似乎无关紧要，所以我不会在那里放任何东西。

将真实的child_doc.Rmd文件放入vignettes目录。我想如果你这样做，你的软件包将构建并检查没有错误。

这可能值得一个bug报告，但我不确定该修复应该是什么。也许knitr在检查中应该更宽容，或者R应该更快地复制文件。

太糟糕了，解决方法非常难看，一旦修复了错误，可能会导致其他问题。

包构建失败，因为vignette找不到子Rmd文件

1 个答案: