Question

我有这样的文件。

>;1;
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG
>;2;
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG
>;3;
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG

我想将每个数字更改为相应的字符串。

我写了以下Perl程序，但我不知道它有什么问题。

%lista2 = (
    1  => "CAT00.3",
    2  => "CAT43.1",
    3  => "CAT40.3"
);

open(OA, ">file2.txt");

foreach $key ( keys %lista2 ) {

    open(SAL, "file.txt");

    while ( <SAL> ) {
        chomp;

        if( />/ ) {

            @w = split("\t");   
            $r = 0;
            s/\;//g;

            if ( /%lista2[i]/ ) {    
                print OA "$_ $lista2{$key}\n" ;
                $r = 1;
            }
        }
    }
}

close(SAL);
close(OA);

我想得到这个

>CAT00.3
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG
>CAT43.1
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG
>CAT40.3
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG

但我不知道那是怎么回事。

Answer 1

我想你是在正确的方向。但是在路径的某个地方，你我们迷失了，似乎随机试图向任何方向奔跑。您的代码中存在许多错误。

例如，如何拥有这两行

很有趣

        if ( /%lista2[i]/ ) {    
            print OA "$_ $lista2{$key}\n" ;

正确尝试访问has值（$lista2{$key}）和完全错误的值（%lista2[i]）如此接近。

然后，由于您只打印到OA if（"/$lista2{$key}/"），因此您将完全根除输出中的所有其他行。您的示例表明，您不希望这样。

此外，更改循环嵌套。而不是一遍又一遍地打开文件，打开它一次，遍历行，并在每次这样的迭代中迭代哈希键。你知道，你的方式并没有严格错误，但打开和关闭文件并不便宜。说到关闭文件：你没有在你的外环体中关闭SAL，但那是你重新打开它的地方。

至少使用一些非常基本的错误处理。检查open是否失败。错误的文件名和程序失败，没有任何指示原因。让你的生活更轻松。

如果您稍后在输出中添加chomp()并再次输出一行，为什么要使用\n？跳过那个。

我不知道如何解释这些行：

        @w = split("\t");   
        $r = 0;
        s/\;//g;

那是剩饭吗？他们没有做任何有用的事情。

最后但并非最不重要的是，建议use strict;和可能use warnings;获取有关问题点的指示。

这是一个通过你的例子。

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my %lista2 =
(
  1  => "CAT00.3",
  2  => "CAT43.1",
  3  => "CAT40.3"
);

if (!open(OA, ">file2.txt")) {
 die($!);
}
if (!open(SAL, "file.txt")) {
  die($!);
}

foreach my $line (<SAL>) {
  foreach my $key (keys(%lista2)) {
    if ($line =~ s/^>;$key;$/>$lista2{$key}/) {
      last;
    }
  }
  print(OA $line);
}

close(SAL);
close(OA);

事实上，在核心中它可以简化为模式替换。不需要分裂或任何东西。但如果你是初学者，模式可能会令人困惑。

我也提高了冗长程度以使事情变得更清楚。

如何使用hash在perl中更改另一个文件中的名称？

1 个答案: