我们如何将顺式调控元件映射到其特定的启动子区域？

Question

我正在尝试将顺式元素映射到我们感兴趣的基因的启动子区域。

我没有我正在使用的数据库，但我有一个来自新地方，sogo网站的列表;输出格式为

因素网站，Loc，Str，SITE

所以我有位置和线索。是否有任何有用的R包用于将我的数据配置到上面显示的图像中，您可以在其中映射到正链和负链，并可以将SITE称为启动子区域中标记的描述？最终，最好配置一个图例，用颜色表示不同的启动子区域。

Answer 1

您最好的选择可能是使用ggbio包裹：

http://www.bioconductor.org/packages/2.11/bioc/html/ggbio.html

具体来说，请参阅插图中的“第8章：可视化基因组特征”：

http://www.bioconductor.org/packages/2.11/bioc/vignettes/ggbio/inst/doc/ggbio.pdf