将日志文件输出到群集选项

Question

我通过slurm/sbatch向snakemake提交工作。我正在尝试将日志从sbatch发送到规则输出的同一目录树中的文件。

例如，这有效：

rm -rf foo
snakemake -s test.smk --jobs 1 --cluster "sbatch --output log.txt"

但如果我尝试失败（即 slurm作业状态失败）：

rm -rf foo
snakemake -s test.smk --jobs 1 --cluster "sbatch --output {output}.log"

大概是因为{output}指向不存在的foo/bar/。但是snakemake应该创造它，对吗？

这是test.smk：

rule all:
    output:
        'foo/bar/done.txt'
    shell:
        """
        touch {output}
        """

那么，如何将日志发送到尚未存在但由规则创建的目录树？ （我不愿意在snakefile中加入代码来预期创建目录）。

snakemake -v
4.8.0