Bookdown将URL添加为脚注

Question

我在获取包含网址的图例的正确pdf输出时遇到问题。它的作用为bookdown::gitbook，但不作为bookdown::pdf_book

以下是一个例子：

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output: bookdown::pdf_book
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## Reference with URL doesn't work
In this experiment, we will use a [spectrophotometer]     (https://en.wikipedia.org/wiki/Spectrophotometry) to measure the absorption of light of different wavelength by colored solutions.

(ref:spectrum) [Spectrum of light. V, violet; B, blue; G, green Y, yellow; O,   orange; R, red](https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Linear_visible_spectrum.svg)

```{r spectrum, fig.cap='(ref:spectrum)', echo=FALSE, message=FALSE,     warning=FALSE}
knitr::include_graphics("./figures/photosynthesis/spectrum.png")
```

## Reference without URL does work
In this experiment, we will use a [spectrophotometer] (https://en.wikipedia.org/wiki/Spectrophotometry) to measure the absorption of light of different wavelength by colored solutions.

(ref:spectrumNOurl) Spectrum of light. V, violet; B, blue; G, green Y, yellow; O, orange; R, red.

```{r spectrumNOurl, fig.cap='(ref:spectrumNOurl)', echo=FALSE, message=FALSE,  warning=FALSE}
knitr::include_graphics("./figures/photosynthesis/spectrum.png")
```

我想要的是图例，如图所示，没有网址，但在脚注的网址上加了一个上标。

其他信息

我在MacBook Pro 13上的OS X（10.13.5 Beta）上的docker容器（摇杆/ rstudio）上使用了bookdown（0.7.8），rstudio（1.1.423）和Pandoc 2.1.3。

我已尽力而为但无法解决这个问题。我将所有Pandoc降级为带有降价功能的1.x版本，但却遇到了同样的问题。我是否使用pdflatex或xelatex作为引擎并不重要。

Answer 1

这里有两个问题：

<强> 1。添加超链接作为脚注

默认情况下，输出LaTeX文档不会显示超链接。我们可以使用LaTeX命令重新定义href的工作方式。您可以将以下行添加到preamble.tex或直接将其嵌入标题：

\let\oldhref\href 
  - \renewcommand{\href}[2]{#2\footnote{\url{#1}}}

在YAML标题中使用它：

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output: bookdown::pdf_book
header-includes:
  - \let\oldhref\href 
  - \renewcommand{\href}[2]{#2\footnote{\url{#1}}}
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如果您希望将其另存为单独的文件（我建议大型项目使用），您可以使用：

header-includes: preamble.tex

<强> 2。文字参考不在标题中

导致此问题的原因是文字参考似乎无法包含任何特殊字符，包括_和-。我已将此问题作为另一个问题提出，因为这似乎是您问题的一个特定子问题：Bookdown text references not working if URL contains special characters

最简单的解决方法似乎是使用this等服务缩短网址。它是免费的，链接不会过期。

这是部分有效的解决方案。 Stackoverflow不允许包含来自Google的网址，因此您必须将缩短的网址替换为您的链接。

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output: bookdown::pdf_book
header-includes:
  - \let\oldhref\href 
  - \renewcommand{\href}[2]{#2\footnote{\url{#1}}}
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The references work fine when not used within a text reference [Spectrum of light. V, violet; B, blue; G, green Y, yellow](https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Linear_visible_spectrum.svg)

(ref:spectrum) [Spectrum of light. V, violet; B, blue; G, green Y, yellow](Shortened URL)

```{r spectrum, fig.cap='(ref:spectrum)', echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
plot(cars)
```

我说这部分有效：正如你所看到的，我们现在有了URL的脚注，但标题中的脚注实际上并没有显示在页脚中！

我认为你最好的选择是使用参考书目并使用[@ref]中的引用来引用这个数字。点击此处：https://bookdown.org/yihui/bookdown/citations.html