使用来自相同工作目录的不同配置运行snakemake管道

Question

可以使用同一工作目录中的两个不同配置运行snakemake管道吗？

此处的配置文件将具有＆＃34;项目名称＆＃34;用于定义管道输入和输出路径的参数。由于snakemake锁定工作目录，我想知道在同一工作目录中运行相同的管道与不同的配置文件是否会导致一些冲突。如果是，那么这种情况是否有可行的替代策略？

Answer 1

是的，您可以使用$snakemake --configfile my_config_file选择配置文件。您可以同时运行两个snakemake实例。 Snakemake不会锁定目录本身。它有两种类型的锁，输入和输出锁。如果两个工作流创建的文件之间没有重叠，则它们可以同时运行。如果工作流程将创建的文件存在重叠，则应首先创建这些文件。输入文件中的重叠不是问题。工作流仅在完成/中断后释放锁。 snakemake设置锁需要一些时间，因此在同一时间启动两个实例有时会导致问题。