在Matlab中绘制pmf与实际频率的关系图

Question

嗨我有这个生成DNA序列的代码，但我想绘制每个符号的经验频率与X的pmf {0.1,0.5,0.3,0.1}。

n = 10;
bases = {'A', 'C', 'G', 'T'};
probs = [0.1,0.5,0.3,0.1];
seq = bases(discretize(rand(1,n),[0,cumsum(probs)]));
disp(strjoin(seq))

对不起，我知道这是基本的东西，但我似乎无法弄清楚，我只使用了Matlab大约一个星期。

Answer 1

我不确定这是否是最有效的方法，但它是我想到的最简单的方法，它应该适合你的情况。

n = 10;
bases = {'A', 'C', 'G', 'T'};
probs = [0.1,0.5,0.3,0.1];
seq = bases(discretize(rand(1,n),[0,cumsum(probs)]));
strseq = strjoin(seq);
freq = zeros(1,4);
for i=1:4
    freq(i) = sum(strseq==bases{i});
end

figure
scatter(probs,freq);

Matlab允许您通过索引和比较数组中的值来做一些漂亮的事情。指令

strseq==bases{i}

返回与strseq长度相同的二进制数组，如果strseq中相应位置的字母与字母base {i}重合，则其组件的值为1，否则为0。这允许您仅索引符合特定标准的数组中的值，当然您可以对其他比较运算符执行相同的操作，例如〜=，＆lt;，＆gt;，＆lt; =，＆gt; =。一个简洁的副作用是它还可以轻松地计算符合给定标准的元素。