Stan MCMC链条在预热和采样之间来回切换

Question

我目前正在使用 R 与 Stan 结合进行MCMC抽样，以获得某个需求变量d的后验分布，给定历史需求{{1并且当前观察到变量dH（因此公式计算x，与P(d|dH, x)成比例。

我的问题

我发现抽样过程显示MCMC在预热和采样之间来回跳转非常奇怪（不是第一次P(x|d)P(d|dH)次迭代始终在 warmup 阶段，然后是实际的nth阶段？）同时，它完全跳过 Chain 1 （?!）。下面是它显示的进展情况：

我的代码

sampling

Stan Modeling File

Data Files

Answer 1

发生的事情不是，给定链正在预热和采样之间切换。取而代之的是，来自各个链条的进度消息正在相互散布。

例如，当您看到以下内容时：

[Iteration:] 50/500 [0%] (Warmup)
[Iteration:] 50/500 [0%] (Warmup)

您实际上看到的是两条消息，一条来自链A，第二条来自链B。