从.txt清空ggplot

时间:2018-04-20 09:23:51

标签: r ggplot2 vcftools

我试图用linux上的vcftools程序生成的文件绘制一个图。该文件看起来像:

CHROM   BIN_START   SNP_COUNT   VARIANTS/KB
chr0    0       46  4.6
chr0    10000   34  3.4
chr0    20000   0   0
chr0    30000   21  2.1
chr0    40000   15  1.5
chr0    50000   22  2.2
chr0    60000   22  2.2
chr0    70000   9   0.9
chr0    80000   20  2
chr0    90000   17  1.7
chr0    100000  17  1.7
chr1    0       87  8.7
chr1    10000   96  9.6
chr1    20000   90  9
chr1    30000   124 12.4
chr1    40000   60  6
chr1    50000   89  8.9
chr1    60000   80  8
chr1    70000   170 17
chr1    80000   152 15.2
chr1    90000   98  9.8
chr1    100000  99  9.9
chr2    0       65  6.5
chr2    10000   97  9.7
chr2    20000   68  6.8
chr2    30000   83  8.3
chr2    40000   67  6.7
chr2    50000   76  7.6
chr2    60000   91  9.1
chr2    70000   62  6.2
chr2    80000   40  4
chr2    90000   32  3.2
chr2    100000  45  4.5

使用该文件,我想创建一个分组的ggplot,其中xr轴为chr0,chr1,chr2,y轴为SNP_COUNT值。我试过这个:

filepath <- "/example/ggplot.txt"
df <- read.table(filepath, sep = "\t")
ggplot(df, aes(CHROM, SNP_COUNT))

使用该代码,我得到了正确的分发:enter image description here

但是ggplot是空的,任何建议都将不胜感激。

我想要的ggplot与我的价值观:

enter image description here

1 个答案:

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感谢@kath @MauritsEvers发表的评论:

ggplot(x, aes(BIN_START, SNP_COUNT)) + 
    geom_point() + facet_wrap(~CHROM)

我得到了我想要的输出:

enter image description here