Question

我试图在mongo数据库中查询数据库中包含的所有id，这样我就可以将列表与单独的数据帧进行比较。但是，当我尝试查找我所提供的所有sample_id字段时：

错误：无法读取4个字节：套接字错误或超时

查询查询的示例：

library(mongolite)
mongo <- mongo(collection,url = paste0("mongodb://", user,":",pass, "@", mongo_host, ":", port,"/",db))
mongo$find(fields = '{"sample_id":1,"_id":0}')
# Error: Failed to read 4 bytes: socket error or timeout

如错误所示，这可能是由于大量数据导致的某些内部套接字超时问题。但是，在the mongo documentation中，默认设置为永不超时。

socketTimeoutMS：在尝试超时之前尝试在套接字上发送或接收的时间（以毫秒为单位）。默认情况永远不会超时，但不同的驱动程序可能会有所不同请参阅驱动程序文档。

所以我的问题是为什么在使用mongolite时会出现这种错误？我想我已经解决了，但我欢迎任何其他信息或输入。

Answer 1

简单的答案是，如上面mongo文件的引用所示，“不同的司机可能会有所不同”。在这种情况下，mongolite的默认值是5分钟，在this github问题中找到，我猜它与C驱动程序有关。

连接的默认套接字超时为5分钟。这意味着如果您的MongoDB服务器死亡或变得不可用，则需要5个分钟来检测这个。你可以通过提供来改变这一点 sockettimeoutms =在您的连接URI中。

在github问题中还提到了一个解决方案，即增加URI中的sockettimeoutms。在连接URI的末尾，您应该添加?sockettimeoutms=1200000作为选项，以在套接字超时之前增加时间长度（在这种情况下为20分钟）。修改原始示例代码：

library(mongolite)
mongo <- mongo(collection,url = paste0("mongodb://", user,":",pass, "@", mongo_host, ":", port,"/",db,"?sockettimeoutms=1200000"))
mongo$find(fields = '{"sample_id":1,"_id":0}')

Answer 2

Laravel：在您的database.php'sockettimeoutms'=>'1200000'中，添加并享受旅程

Mongolite错误：无法读取4个字节：套接字错误或超时

2 个答案: