我对ggplot2包和渐变填充有一些困难。对于数据点数较少的数据,其梯度和密度强度并不匹配。以下是一个示例:
我使用的代码是:
pt <- read.xlsx("plots.xlsx", sheetName = "PT1_TB varseq", stringsAsFactors=FALSE)
ggplot(pt, aes(x=pt$BAF, y=pt$LogR) ) +
stat_density_2d(aes(fill = ..density..), geom = "raster", contour = FALSE) +
scale_fill_distiller(palette= "Spectral", direction=-1) +
scale_y_continuous(name="LogR", limits = c(-0.8, 0.6), breaks = seq(-0.8, 0.6, 0.2)) +
scale_x_continuous(name="BAF", breaks = seq(0, 0.8, 0.2)) +
theme(
legend.position='none',
panel.grid.major = element_blank(),
panel.grid.minor = element_blank(),
panel.background = element_blank(),
axis.line = element_line(colour = "black")
) +
geom_point(aes(shape = factor("cyl")), size = 1) + scale_shape(solid = FALSE)
我希望渐变更突然地改变,例如,我希望在(0; 0.2)和(0.25; -0.2)之间的点之间看到更多的颜色分离。此外,没有点的中间的黄色应该是蓝色。
在我看来,有人知道如何消除轴与实际情节之间的白色差距吗?
提前致谢:)
答案 0 :(得分:5)
如果您能提供可重复的示例,将会有所帮助。但是,为了推动@RichardTelford主页评论的重点,这里有一个利用manipulate
包来交互式设置h
带宽参数的示例,此外还有n
- 网格点数。
library(ggplot2)
library(manipulate)
manipulate(
ggplot(faithful, aes(x = eruptions, y = waiting)) +
geom_point() +
xlim(0.5, 6) +
ylim(40, 110) +
stat_density_2d(geom = "raster", aes(fill = ..density..), contour = F,
h = c(x_bandwidth, y_bandwidth),
n = grid_points) +
scale_fill_distiller(palette = "Spectral", direction = -1),
x_bandwidth = slider(0.1, 20, 1, step = 0.1),
y_bandwidth = slider(0.1, 20, 1, step = 0.1),
grid_points = slider(1, 100, 16)
)
所以我们的普通香草(默认)情节如下所示:
我们可以使用齿轮图标中的弹出菜单以交互方式更改参数: