Question

我有以下脚本名为making_list_313_SNPs_from_csv.R。简而言之，此脚本接收.csv文件并进行一些快速重新安排以生成.txt文件。

.csv有8列，我感兴趣的列名称如下：1_11100_A_T。

My R脚本如下所示：

library(tidyr)

setwd("/Users/m/folder/List_313/")

list = read.csv("file.csv")
list = as.data.frame(list[,2])
colnames(list) = c("SNP")

new_list = separate(data = list, col = SNP, into = c("part1", "part2", "part3", "part4"), sep = "_")
new_list = new_list[,c(1,2)]

write.table(new_list,"list_313_to_find.txt",quote=F,row.names = F, col.names = F)

我想从我的Mac终端运行这个脚本，如下所示：

 Rscript making_list_313_SNPs_from_csv.R

这有效，我得到一个看起来像我想要的输出文件。但是，我得到以下输出：

Warning message:
package ‘tidyr’ was built under R version 3.2.5 

Warning message:
In .doLoadActions(where, attach) :
  trying to execute load actions without 'methods' package

第一个警告只是关于我正在使用的R包版本的警告。但是，我不知道第二个警告意味着什么。任何帮助将不胜感激。

Answer 1

Rscript没有加载方法包。将library(methods)添加到您的脚本中。正常的R会话会自动加载它。

如果你认为这很愚蠢，那么你并不是唯一一个。

Rscript警告消息

1 个答案: