R包：＆＃34;错误：对象＆＃39;计算＆＃39;在加载命名空间时找不到。＆＃34;

Question

我的目录结构如下：

c:/Users/bob/MyPackageName
c:/Users/bob/MyPackageName/R
c:/Users/bob/MyPackageName/tests
c:/Users/bob/MyPackageName/tests/testthat

我的开发会话通常包括在包根目录（c:/Users/bob/MyPackageName）中启动R会话，并运行

devtools::load_all()
devtools::test()

然后在MyPackageName/tests/testthat/mytest.R和MyPackageName/R/mycode.R中添加少量位。

开始会话时返回

Loading MyPackageName
Error: object 'compute' not found whilst loading namespace 'MyPackageName'

我试试：

1. 致电explicit devtools::load_all("c:/Users/bob/MyPackageName")
2. 搜索compute的错误实例（需要包，函数名，任何内容..）。但一切都很好。
3. Clearing一些缓存，rm(list=ls())。
4. 从devtools::load_all()中的会话和c:/Users/bob/MyPackageName/tests/testthat中的其他会话中调用本地化的c:/Users/bob/MyPackageName/tests/testthat。
5. 通过devtools::document()重新生成文档，以免其中的某些内容出现问题。
6. 删除MyPackageName/.RData和MyPackageName/.Rhistory。

但没有。我仍然得到Error: object 'compute' not found whilst loading namespace 'MyPackageName'

我还能尝试什么？例如，什么是预装Devtools方法＆＃34;加载所有＆＃34;？什么是＆＃34;对象＆＃39;计算＆＃39;＆＃34;？

当我在包目录之外启动R会话时，一切都很顺利。因此我的R设置很好;这个问题是在写一个R包的背景下。

Answer 1

这可能是一种解决方法。也许你可以尝试一下。

我在重建软件包时遇到了类似的错误Error: object 'compute' not found whilst ...（R版本3.5.0，roxygen2版本3.5.0）。

我最后手动移除S3method(compute,...)中的第一行NAMESPACE以重新打包。

Answer 2

不看函数名很难判断，但这可能是一个问题，因为 ROxygen >3 现在对 S3 对象和函数都使用 tkinter。因此，如果您有一个使用点的函数，例如@export 并且您使用 Roxygen 的 compute.something.cool()，它可能会推断它是 S3 对象而不是函数。

更详细地描述了这一点here，但简而言之，使用导出调用明确命名您的函数：

#' @export

这种方法意味着您仍然可以使用 #' @export compute.something.cool 来保持您的 NAMESPACE 更新，而无需手动执行此操作。请注意，Bioconductor 不允许包使用点命名约定，可能正是出于这个原因，因此将来可能值得避免这种情况。