biopython没有名为Bio的模块

时间:2018-04-16 01:33:54

标签: python-3.x pip biopython

仅供参考:这不是重复的!

在运行我的python代码之前,我在cmd提示符中安装了biopython:

pip install biopython

当我尝试在python

中导入时,我得到一个错误,上面写着'没有名为Bio的模块'
import Bio

同样的事情发生了
import biopython     

应该注意我已更新PIP并运行python 3.5.2
 我感谢任何人的帮助。

13 个答案:

答案 0 :(得分:5)

使用它:

pip3 install biopython

然后import Bio 为我工作

答案 1 :(得分:2)

将站点包名称从bio重命名为Bio

const
    subSet = (object, without) =>
        without.reduce((o, k) => ({ [k]: _, ...o } = o, o), object);

console.log(subSet({ a: 1, b: 2, c: 3 }, ['a', 'c']));

对我有用!

答案 2 :(得分:2)

pip3没有完全对我有用,因为导入函数存在问题。

conda install biopython 

✔️为我工作。

答案 3 :(得分:1)

我只是遇到了这个问题,问题是小写的生物与大写的生物。原来的问题是,它在python 2和3上的安装方式不同。在Python 2中,您执行import Bio,而在python 3 import bio中。如果遇到此问题,可能是出于相同的原因,解决方案可能是确保所用Python版本使用正确的名称。

答案 4 :(得分:1)

在Windows上,它将bio软件包安装在名为bio的顶级目录中,小写字母b。要解决此问题,请将该目录重命名为大写b,Bio。

很明显,biopython的人并不太重视胜利

答案 5 :(得分:1)

正如其他人所说,Biopython 似乎只适用于 python 3.5。在我当前的环境中,我使用的是 python 2.7,因此使用 python 3.5 创建一个 Conda 环境为我解决了这个问题。

conda create -n mypython3.5 python=3.5

然后激活环境:

conda activate mypython3.5

并在其上安装 Biopython:

conda install -c conda-forge biopython

就我而言,我还必须在新环境中安装 Prodigal 才能运行我的脚本:

conda install -c bioconda prodigal

答案 6 :(得分:0)

当我遇到此问题时,我注意到在我使用pip install biopython安装biopython之后,site-packages文件夹中的模块目录是用小写字母而不是大写字母编写的。总而言之,该文件夹被命名为bio而不是Bio,所以我刚刚重命名了该文件夹,一切开始正常进行。我是编程新手,所以我知道这不是最优雅的解决方案,但它对我有用,因此希望我的回答对某些人有用。 :)

答案 7 :(得分:0)

在我的情况下(macOS X Catalina,brew安装了python 3.7.6),我必须使用安装

python -m pip install Bio

(大写),但与

一起使用
from bio import pairwise2

更糟糕的是,我不得不更改软件包的代码:我进入python3.7/site-packages/bio/pairwise2.py,第246行,已更改

from Bio import BiopythonWarning

进入

from bio import BiopythonWarning

我讨厌更改程序包的代码,在下一次更新中它将无法再次使用...请做一些事情来解决此bio / Bio问题。

答案 8 :(得分:0)

我有同样的错误。事实证明

导入生物

有效

代替进口biopython !

答案 9 :(得分:0)

就我而言,尝试安装BioPython时出现错误, “ BioPython要求python版本大于3.6”

因此,安装最新版本对我来说是固定的。

答案 10 :(得分:0)

在Windows上运行python时,我无法导入biopython。

我尝试了几种解决方案,将目录名更改为大写/小写https://stackoverflow.com/a/60753930/10884907,并在使用“ Bio”,“ bio”,“ biopyhton”导入时也采用了不同的调用方式。没有一个工作。

但是,它在Linux中的工作方式与手册指南一样简单,我做了command: ["psql", "--password", "pass", "-U", "user", "-d", "simple-service", "-c", "SELECT 1"] 并在pip3 install biopython下工作!

答案 11 :(得分:0)

我尝试了pip3 install biopython,但是对我来说不起作用。

但这可行! -!pip install biopython

答案 12 :(得分:0)

我尝试了以上所有方法都没有成功。我从 Python 3.8 切换到 Python 3 并且奏效了。