Question

我在Ubuntu上将我的GDAL更新为2.2.2，现在rgdal在R中失败。当我尝试加载rgdal时，我收到此消息（我也尝试更新rgdal，但是没有用。）

Error in get(method, envir = home) : 
  lazy-load database '/home/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/rgdal/R/rgdal.rdb' is corrupt
In addition: Warning messages:
1: In .registerS3method(fin[i, 1], fin[i, 2], fin[i, 3], fin[i, 4],  :
  restarting interrupted promise evaluation
2: In get(method, envir = home) :
  restarting interrupted promise evaluation
3: In get(method, envir = home) : internal error -3 in R_decompress1
Error: package or namespace load failed for ‘rgdal’

有关如何解决此问题的任何想法？

Answer 1

我通过更新和升级系统来解决它：

sudo apt update & sudo apt upgrade

Answer 2

我能够通过删除损坏的rgdal安装并只需重新安装来解决此问题。

警告消息应指出文件夹的位置（在您的情况下为/home/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/rgdal）

在终端中，您可以使用以下方式删除已安装的版本

rm -rf path/to/rgdal

其中path/to/rgdal特定于您的系统和版本。然后使用install.packages('rgdal')

在R中重新安装

Answer 3

这对我有用：

remove.packages("rgdal")
install.packages("rgdal")
library(rgdal)

Answer 4

什么对我有用

打开终端
运行 brew install gdal（此步骤可能需要几分钟时间）

注意：在第 2 步之后，如果您已经安装了它（这发生在我身上），它可能会出错。如果出现此错误，请运行 brew upgrade gdal（可能需要几分钟）

从源代码重新安装 rgdal，使用：

install.packages("rgdal", repos = NULL, type="source")

重新启动您的 R 会话（即关闭并重新打开 RStudio） - 您不能跳过此步骤

现在尝试 library(rgdal) - 它应该会成功！

其他可以尝试的事情

如果上述步骤不起作用，请尝试以下任一方法：

通过 going to CRAN 下载 rgdal 包源并手动编译并下载源（点击 here 中的链接），然后通过运行 install.packages("path/to/downloaded/file/rgdal_1.5-23.tar.gz", repos = NULL, type="source") 进行安装
- 关闭并重新打开 RStudio，这可能会有所帮助
还值得尝试手动删除损坏的文件（例如使用 rm /Users/$USER/Library/R/4.0/library/rgdal/R/rgdal.rdb），然后运行 install.packages("rgdal", repos = NULL, type="source")，关闭并重新打开 RStudio。
如果所有这些都不起作用，最后一件事就是尝试 install.packages("rgdal", repos="https://mac.R-project.org")，关闭并重新打开 RStudio，希望 library(rgdal) 成功。

希望这些笔记中的一些可以帮助其他人解决这个问题！

不能再加载rgdal了

4 个答案:

什么对我有用

其他可以尝试的事情