Question

当我发出命令 sbatch job.sh 并且一切运行顺利时，在job.sh的位置生成一个文件test.Rout，我想知道如何更改位置这个.Rout文件。

job.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name="test
#SBATCH --nodes=1                # number of nodes
#SBATCH --ntasks-per-node=10      # number of cores
#SBATCH --time=01:00:00          # walltime
#SBATCH --output=error/job.out
#SBATCH --error=error/error.err

module load R

R CMD BATCH test.R

test.R

print(2+2)

test.Rout

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

[Previously saved workspace restored]

> print(2+2)
[1] 4
>
> proc.time()
   user  system elapsed
  0.107   0.039   0.154

Answer 1

请注意，test.Rout不会生成job.sh文件，它由R CMD BATCH命令生成。从documentation开始，只需将输出文件的名称添加为最后一个参数即可。

R CMD BATCH test.R /path/to/target/dir/test.Rout

请注意，根据this，您可能需要考虑Rscript。在这种情况下，您可以使用Rscript

重定向>输出

Rscript test.R > /path/to/target/dir/test.Rout

在这种情况下，文件由Bash编写，或者使用sbatch的--output选项，在这种情况下输出文件由Slurm编写：

#SBATCH --output=/path/to/target/dir/test.Rout
Rscript test.R

但它将包含作业的完整输出，而不仅仅是R部分。

通过sbatch job.sh更改.file生成的位置

1 个答案: