尝试使用rpy2将pandas数据帧转换为R的数据帧时无符号整数错误

时间:2018-04-12 13:07:31

标签: python r rpy2

我有以下数据:

grp_m1      grp_m2      grp_m3      grp_m4
$50-$75     $50-$75     $50-$75     $50-$75
$50-$75     $50-$75     $50-$75     $50-$75
$150-$175       $150-$175       $150-$175       $150-$175
$100-$125       $100-$125       $100-$125       $100-$125
$150-$175       $125-$150       $125-$150       $125-$150

然后将它们转换为假人。这些虚拟对象的dtype在pandas数据帧中是unsigned int,当我尝试使用以下代码将其转换为R数据帧时:

from rpy2.robjects import pandas2ri
pandas2ri.activate()
pandas2ri.py2ri(data)

我收到以下错误:

Error while trying to convert the column "grp_m4_$175-$200". Fall back to string conversion. The error is: Cannot convert numpy array of unsigned values -- R does not have unsigned integers.
  (name, str(e)))
C:\Users\hduser\AppData\Local\Continuum\anaconda3.1\lib\site-packages\rpy2-2.9.1-py3.6-win-amd64.egg\rpy2\robjects\pandas2ri.py:61: UserWarning: Error while trying to convert the column "grp_m4_$200-$225". Fall back to string conversion. The error is: Cannot convert numpy array of unsigned values -- R does not have unsigned integers.
  (name, str(e)))

这可以修复,还是我需要将这些列全部删除,例如如果出现此错误,请跳过列?

有人可以帮帮我吗?

2 个答案:

答案 0 :(得分:3)

您可以使用astype()中的pandaspandas数据框中的所有元素转换为所需的dtype。在这种情况下,我们只想将您的虚拟变量转换为R理解的内容。假设您的数据帧仍然命名为" data",请尝试以下代码:

import pandas as pd

# change unsigned integers to integers
n_data = data.astype('int64') # you could also try float64, if you want

# Check data type
type(n_data.iat[0,0])

# Output
# <class 'numpy.int64'>

from rpy2.robjects import pandas2ri
pandas2ri.activate()

pandas2ri.py2ri(data)

答案 1 :(得分:1)

马库斯的回答对我很有帮助。

在我的情况下,我认为导致此问题的主要原因是 Pandas.DataFrame 项在转换后转换为 numpy.uint8 通过 pd.get_dummies() 来虚拟变量。

因此,我只是在应用'int64'之前通过astype()将其转换为pandas2ri.py2ri(data),最后修复了该错误。