Question

我想从特定点删除字符，直到第一个空格之前（不删除空白本身）。例如，我的file.txt如下： -

>DN256845_c2_g1_i1 len=56274 ACGGAGG
>DN256532_c0_g2_i19 len=23973 AATACTC
>DN256979_c8_g3_i32 len=16728 CGAAACT

'X'是数字，例如1或19或32，我希望它是： -

>DN256845_c2_g1 len=56274 ACGGAGG
>DN256532_c0_g2 len=23973 AATACTC
>DN256979_c8_g3 len=16728 CGAAACT

我使用了sed 's/_i.*//'，但它删除了_i之后的所有内容。我尝试过的其他代码是sed 's/_i.*\./\ /g'， sed -E 's/_i.*+[^[: :]]//g'最终没有任何改变。

如何使用sed / awk或任何其他方法解决此问题？我很感激帮助。谢谢！

编辑：正如Sundeep所建议的，我编辑了这些问题以便于理解。这些数据实际上是Trinity成绩单标识符。我需要删除标识符（_i1等）以进行某些分析。）

Answer 1

在awk中：

$ awk '{sub(/_[^_ ]+ /," ")}1' file
>DN256845_c2_gXX len=56274 ACGGAGG
>DN256532_c0_gXX len=23973 AATACTC
>DN256979_c8_gXX len=16728 CGAAACT

与sed相同：

$ sed 's/_[^_ ]\+ / /' file

替换下划线的第一个实例，除了下划线或空格以外的所有内容以及带空格的空格。

编辑：我想知道为什么我没有发布这个明显的awk来操纵$ 1的结尾：

$ awk '{sub(/_[^_]+$/,"",$1)}1' file

Answer 2

＆＃39; X＆＃39;是数字，如1或19或32

最好尽可能地将样本提供给实际用例。我已经更改了样本数据，以便在X之后将i更改为数字..如果这没有帮助，请添加更好的示例问题

$ cat ip.txt
>DN256845_c2_gXX_i1 len=56274 ACGGAGG
>DN256532_c0_gXX_i19 len=23973 AATACTC
>DN256979_c8_gXX_i32 len=16728 CGAAACT

$ sed 's/_i[0-9]* / /' ip.txt
>DN256845_c2_gXX len=56274 ACGGAGG
>DN256532_c0_gXX len=23973 AATACTC
>DN256979_c8_gXX len=16728 CGAAACT

_i[0-9]* 匹配_后跟零个或多个数字后跟空格
用空格替换

对于这个用例，这也可以缩短为

sed 's/_i[^ ]*//' ip.txt

使用sed或awk删除特定点之前的字符，直到空格之前

2 个答案: