从rmarkdown运行时调用lme4非常慢

Question

我将lme4包中的lmer()函数应用于矩阵中的一系列行。计算需要几分钟。

我在Rmarkdown文档中包含了完全相同的代码。当我使用rmarkdown::render()处理文档时，相同的代码位执行时间要长一个数量级（笔记本电脑上需要1或2个小时）。

问题：knitr中的代码是否以不同的方式执行，然后在控制台中运行？ knitr和lme4之间是否存在可能会减慢lme4模型优化代码执行速度的交互？