为复杂的项目结构生成文档

Question

我有一个C项目，结构如下：

.
├── Makefile
├── c_kernels
│   ├── cuda
│   │   ├── Makefile
│   │   ├── kernel_interface.h
│   │   └── kernel.cu
│   ├── omp3
│   │   ├── Makefile
│   │   ├── kernel_interface.h
│   │   └── kernel.c
│   ├── omp4
│   │   ├── Makefile
│   │   ├── kernel_interface.h
│   │   └── kernel.c
│   ├── omp4_clang
│   │   ├── Makefile
│   │   ├── kernel_interface.h
│   │   └── kernel.c
│   └── serial
│       ├── Makefile
│       ├── kernel_interface.h
│       └── kernel.c
├── drivers
│       ├── Makefile
│       ├── kernel_interface.h
│       └── kernel_driver.c
├── kernel_interface.h
├── main.c
├── make.deps
└── make.flags

配置makefile，这样就可以使项目如此（对于omp3）：

$ make KERNELS=omp3

如何一次为一种类型的内核生成这种结构的项目的Doxygen文档？

我是否需要为每种内核类型配置Doxygen配置？

或者我应该在makefile中添加docs构建目标，然后根据目标内核构建文档？