Question

我尝试使用Cuhre库中提供的Cuba例程。我以前遇到过将静态库链接到Cython的错误，因此我尝试使用Cuhre属性创建共享库。为此，我有三个文件：cuhre.c, cuhre.h, and libcuhre.so（通过编译cuhre.c创建）。

cuhre.c有一个例程tryCuhre，它基本上调用古巴图书馆提供的Cuhre路由。为简单起见，它仅适用于2D集成：

double tryCuhre(integrand_t t, void * ud)
{
  int comp, nregions, neval, fail;
  cubareal integral[NCOMP], error[NCOMP], prob[NCOMP];
  Cuhre(2, 1, t, ud, 1,
    EPSREL, EPSABS, VERBOSE | LAST,
    MINEVAL, MAXEVAL, 13,
    STATEFILE, SPIN,
    &nregions, &neval, &fail, integral, error, prob);
  return (double)integral[0];
}

所有大写字母中的变量（例如MINEVAL和SPIN）都是在编译时预定义的并且是常量。

这是我的cuhre.h文件，由cuhre.c包含：

#ifndef CUHRE_H_
#define CUHRE_H_


#ifdef __cplusplus
extern "C" {
#endif
typedef double cubareal;
typedef int (*integrand_t)(const int *ndim, const cubareal x[], const int 
*ncomp, cubareal f[], void *userdata);

double tryCuhre(integrand_t t, void * ud);
#ifdef __cplusplus
}
#endif
#endif

运行命令集后

gcc -Wall -fPIC -c cuhre.c
gcc -shared -o libcuhre.so cuhre.o

我可以创建共享库libcuhre.so。到现在为止还挺好。应该注意的是，到目前为止，例程正常工作，即使cuhre.c中的可执行文件正确执行。

我正在尝试使用tryCuhre文件中的cython例程（execute.pyx）。在顶部，我有声明：

cdef extern from "math.h":
    double sin(double x)
    double cos(double x)
    double sqrt(double x)
    double atan(double x)
    double exp(double x)
    double log(double x)

cdef extern from "cuhre.h":
    ctypedef double cubareal
    ctypedef int (*integrand_t)(const int *ndim, const cubareal x[], const int *ncomp, cubareal f[], void *userdata)
    double tryCuhre(integrand_t t, void * ud)

最后，为了编译，我正在使用命令

python setup.py build_ext --inplace

在setup.py上，如下所示：

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Distutils import build_ext
from Cython.Build import cythonize
from distutils.extension import Extension

sourcefiles = ['execute.pyx']
ext_modules = [Extension("execute", sourcefiles, library_dirs = 
['~/Documents/project/libcuhre.so'],)]

setup(
  name = 'execute',
  cmdclass = {'build_ext': build_ext},
  ext_modules = ext_modules
)

编译文件。但是，每当我尝试声明时

import execute

在python shell中，它引发了错误：

/Documents/project/execute.so: undefined symbol: tryCuhre

我已经四处寻找链接我人工创建的libcuhre.so库的方法，但到目前为止还没有工作。如何解决这个问题？为什么我的程序如何能够从数学库中找到所有方法（sin，cos，exp等），而不是我的libcuhre.so中的任何方法？（还应注意，所有这些文件都在同一目录~/Documents/project。）

非常感谢您的帮助！

Answer 1

依赖的源代码和库需要包含在Extension中，作为libraries链接，或源文件进行编译。

library_dirs仅添加到链接器将搜索库的目录，但不链接任何内容，因此是不够的。

在这种情况下，由于C代码是自构建的并且是单个.c，因此最简单的方法是将它们一起编译为源代码。这也意味着cuhre.c将由setuptools本身编译，自动编译目标分发。

from setuptools import setup, Extension
from Cython.Distutils import build_ext
from Cython.Build import cythonize

sourcefiles = ['execute.pyx', 'cuhre.c']
ext_modules = [Extension("execute", sourcefiles,
    include_dirs=['.'],
    depends='cuhre.h',
)]
setup(
  name='execute',
  cmdclass = {'build_ext': build_ext},
  ext_modules = ext_modules
)

代码也更改为使用setuptools，distutils已弃用，现在已成为setuptools的一部分。

链接共享库的Cython错误？

1 个答案: