Question

我在phyDat课程中对齐了序列。这是一个最小的例子：

library(seqinr)
seqs <- DNAMultipleAlignment( c(a1 = "------ATGTTCATTAACCGCTGACTATTCTCAACCA",
                                a2 = "------ATGTTCACCGACCGCTGACTATTCTCTACAA",
                                a3 = "---GTGACCTTCATCAACCGATGATTATTCTCAA---",
                                a4 = "---TCAGTCGTCACCAGGCGTTG-CAGGACCCGAC--",
                                a5 = "ATGGGGGTCTTCCTCA-TCGCCGTCGCCGCGT-----"))

library(phangorn)
phyDat_seqs <- as.phyDat(seqs)

我跟着manual of phangorn package构建了一个系统发育树。（下面，我写了一个简化的代码。你不需要检查手册，你可以直接运行代码。）

dm <- dist.ml(phyDat_seqs)
treeNJ <- NJ(dm)

fit <- pml(treeNJ, data=phyDat_seqs)
fitGTR <- optim.pml(fit, model="GTR")

bs <- bootstrap.pml(fitGTR, bs=5, optNni=TRUE)

我可以用plotBS：

简单地绘制这棵树

plotBS(fitGTR$tree, bs, type="p")

到目前为止没有问题。我的问题从这一点开始。

我想使用ggtree包自定义此树，但我无法弄清楚如何做到这一点。当我使用ggtree(fitGTR$tree)时，它会给我一棵不同的树。

plotBS以某种方式使用bs值来更改树分支。如果您比较plot(fitGTR$tree, type="p")和plotBS(fitGTR$tree, bs, type="p")差异很容易看出来。 ggtree()和plot()构造相同的树，但不构建我想要自定义的树。

我尝试了不同的方法，例如使用write.tree或write.nexus函数保存树，并使用ggtree包函数再次调用该文件，但我无法保存{{1}树的版本。如何获得plotBS树的输出？

提前谢谢。

Answer 1

问题出现了，因为我误读了文档。我在这一行上犯了一个错误：

plotBS(fitGTR$tree, bs, type="p")

树必须通过midpoint()函数构建。因此，当我改变这条线时：

plotBS(midpoint(fitGTR$tree), bs, type="p")

没有问题发生。我可以使用ggtree，我可以毫无问题地保存/写入树数据。

即使我无法弄清楚midpoint()函数对树实际做了什么（你可以对此发表评论），问题也解决了。

无法保存/写入plotBS（）结果的树数据

1 个答案: