Question

我有一个文件夹列表，该文件夹基于（a）样本名称命名的文件夹[有时用＆＃39; _1＆＃39;或者＆＃39; _2＆＃39;对于不同的人]; （b）工作编号[1-12]; （c）染色体编号[chrI-chrXXI]。

例如：

    8116_1_chrI.vcf  #sample[8116]; jobId[1]; chr[chrI]
    8116_1_chrII.vcf  #sample[8116]; jobId[1]; chr[chrII]
    ...
    CSC0832_1_7_chrVIII.vcf  #sample[CSC0832_1]; jobId[7]; chr[chrVIII]
    CSC0832_1_7_chrXIX.vcf  #sample[CSC0832_1]; jobId[7]; chr[chrXIX]
    ...
    RNF2887_2_12_chrX.vcf  #sample[RNF2887_2]; jobId[2]; chr[chrX]
    RNF2887_2_12_chrXI.vcf  #sample[RNF2887_2]; jobId[2]; chr[chrXI]
    ...

每个样本都有相同的作业ID号，每个染色体都有不同的文件。我正在尝试提交一个作业数组，所以现在我需要每个单个文件的唯一标识符（作业ID），我试图通过（1）重命名那些包括前面的唯一数字; （2）然后添加样本id; （3）然后是染色体编号。

我正在尝试为此循环执行bash，但它无效。以下是我的剧本：

    for FILENAME in `ls $SCRATCH/stickleback/sorelData/indSamplesVcf/splitChr/*.vcf`; do
    ROOTNAME=`basename ${FILENAME%%_*}`
    CHR=`basename ${FILENAME##*_} .vcf`
    for LIST in `seq 279`; do
    cp "$FILENAME" $SCRATCH/stickleback/sorelData/indSamplesVcf/splitCopy/${LIST}_${ROOTNAME}_${CHR}.vcf
    echo "copying $(basename ${FILENAME}) to ${LIST}_${ROOTNAME}_${CHR}.vcf"
    done
    done

我得到的是一个具有唯一数字的文件，但它们始终是相同的样本ID，并且染色体编号相同：

    1_8116_chrIII.vcf
    2_8116_chrIII.vcf
    ...

我注意到的一件事是，当我echo basename ${FILENAME##*_}时，它按字母顺序列出染色体（因为它们在罗马人中）。这会影响重命名吗？

很抱歉这个冗长而愚蠢的问题，但我是新手。

谢谢！

Answer 1

如果它有帮助......

directory=$SCRATCH/stickleback/sorelData/indSamplesVcf/splitChr

list=0
for filename in $directory/*.vcf ; do
    basename=$( basename ${filename} )  # 8116_1_chrI.vcf
    sample=${basename%%_*}              # 8116
    chr=${basename##*_}                 # chrI.vcf
    list=$(( list+1 ))
    cp "$directory/$filename" "$directory/splitCopy/${list}_${sample}_${chr}"
    echo "copying $basename to ${list}_${sample}_${chr}"
done

我假设：

您要为文件名
filename成为id_sample_chr.extension

我建议：

小写
更喜欢$( command )，没有反叛
不要使用$( ls )
使用缩进

如何重命名多个文件重新排序名称部分并在前面包含有序数字（bash）

1 个答案: