Question

我正在尝试使用tableone包生成一个表摘要，其中数据输入是使用调查包创建的调查设计对象。根据tableone文档，这应该是可能的，事实上，它适用于我同事的工作区。 Tableone能够处理连续变量但不能处理因子。以下是可重复的示例

library(survey, tableone)
age<- c(55,66,77,33,44)
gender<-c("Male","Male","Female","Male","Female")
weights<-c(2.3,1.0,3.0,2.3,1.0)

df<- data.frame(age,gender,weights)
svy <- svydesign(id = ~0, data = df, weights=~weights)
t1 <- svyCreateTableOne(data = svy, vars=c("age", "gender"))

我收到错误消息：“Summary.factor中的错误（c（3L，1L），na.rm = TRUE）： 'sum'对于因素没有意义“

无论我是将“性别”列保留为字符，还是在创建svy1之前将其更改为某个因素，这都会持续存在。

我在RStudio 1.1.442上运行R ver 3.4.4。

任何人都面临这个问题或有解决这个问题的建议？谢谢！

Answer 1

将变量“ weights”重命名为其他名称（例如“ ps_Weights”），它将运行。

library(survey)
library(tableone)
age<- c(55,66,77,33,44)
gender<-c("Male","Male","Female","Male","Female")
ps_weights<-c(2.3,1.0,3.0,2.3,1.0)

df<- data.frame(age,gender,ps_weights)
svy <- svydesign(id = ~0, data = df, weights=~ps_weights)
t1 <- svyCreateTableOne(data = svy, vars=c("age", "gender"))
print(t1)

                Overall      
n 9.60
age (mean (sd)) 56.60 (19.03)
gender = Male (%) 5.6 (58.3)

Answer 2

如果从您提供给svyCreateTableOne的变量列表中删除分类变量，它就可以使用：

> t1 <- svyCreateTableOne(data = svy, vars=c("age", "weights")) 
> t1

                      Overall      
  n                    9.60        
  age (mean (sd))     56.60 (19.03)
  weights (mean (sd))  2.25 (0.79)

根据我对tableone包的理解，您必须分别检查您的分类和定量变量。如果您想按性别进行拆分，请将其添加为strata：

> t1 <- svyCreateTableOne(data = svy, vars=c("age", "weights"), strata=c("gender")) 
> t1
                     Stratified by gender
                      Female        Male          p      test
  n                    4.00          5.60                    
  age (mean (sd))     68.75 (20.21) 47.93 (15.99)  0.205     
  weights (mean (sd))  2.50 (1.22)   2.07 (0.61)   0.552

Tableone无法处理来自调查svydesign对象的因素

2 个答案: