如何在ggtree中缩短/截断分支

时间:2018-04-03 14:44:33

标签: r phylogeny ape-phylo ggtree

使用R包APE生成的phylo树并使用ggtree绘图 - 是否有人知道一种缩短分支的方法?

我的观点是,我主要比较种内,但增加了两个最密切相关的物种,部分是根植树。然而,与密切相关的物种的进化距离远远高于种内物种,当然,这意味着我有一个超长的分支占据了太多的空间+更难以弄清楚种内的细节差异是因为图像缩小以显示其他物种。

显而易见的手动解决方案是改变R之外的图像,但我更喜欢编程解决方案。

据我所见,ggtree有一个'缩放'功能,但这只涉及一个分支的宽度,而不是深度。我已经看过ggtree的图,我提到过截断的区域(用虚线显示截断的区域),但我不知道在完成绘图后是否编辑了这些细节。

Here's the tree I'm working with

这是使用ape生成数据树的代码。截断的问题也可以应用于大多数分支。

library(ape)
library(ggtree)
data("woodmouse")
woodmouse %>% 
  dist.dna() %>% 
  nj() %>% 
  ggtree() + 
  ggtitle("Example") + 
  geom_treescale()

Example

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