pip安装CrossMap在OSX上失败：找不到os / rand.c？

Question

试图运行

pip install CrossMap

在OSX 10.11.6上使用brew安装的python（版本2.7.12）和pip（版本9.0.1）并遇到此错误：

htslib/hts_os.c:30:10: fatal error: 'os/rand.c' file not found
#include "os/rand.c"
         ^
1 error generated.
error: command 'clang' failed with exit status 1

我到处寻找有关此错误的信息，但它已经空了。这种依赖性来自何处以及如何安装？

谢谢！

Answer 1

CrossMap取决于pysam，它是sam tools的包装器。您需要在编译pysam之前安装htslib。