R:在R中改变和弦图上的颜色

时间:2018-03-28 21:44:08

标签: r circos circlize

基本问题。

我有一个像这样的输入表:

    1   2   3   4   5   6   7
1   0   0   1098    11  137 105 338
2   0   0   351 0   1   0   0
3   0   0   0   132 215 91  191
4   0   0   0   0   6   10  19
5   0   0   0   0   0   37  95
6   0   0   0   0   0   0   146
7   0   0   0   0   0   0   0

我在R:

中写了这段代码
 library(circlize)
table <-read.table('test_circos_real_data.txt')
table <- as.matrix(table, c("#FF000080", "#00FF0080", "#0000FF80","#FF000080", "#00FF0080", "#0000FF80"))
rownames(table) = c('car', 'bus','train', 'walk', 'run', 'skip', 'jump')
colnames(table) = c('car', 'bus','train', 'walk', 'run', 'skip', 'jump')
chordDiagram(table)

输出

here

我知道颜色尚未正确设置,因为当我多次运行代码时,颜色会发生变化,因此我知道它是随机的(即使我尝试在代码中设置它们) )。在代码中的哪一点,我设置颜色?我想要的颜色:红色,橙色,绿色,蓝色,紫色,粉红色等设置(试图避免暗色,如棕色,黑色,灰色)。

感谢。

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

尝试grid.col参数:

chordDiagram(table, grid.col = c("red", "blue", "purple","pink", "orange", "green", "steelblue1"))

enter image description here