Question

我想在我的文件中插入文件标题的一部分。

文件标题是

GeneName_something.fas。

我的文件有这种格式：

'＆GT; Speciesa
  atgaatatagatata
  “＆GT; Speciesb
  atagtagctatgat

我想在Species名称后插入Gene名称。输出将是：

'＆GT; Speciesa-GeneName
  atgaatatagatata
  “＆GT; Speciesb-GeneName
  atagtagctatgat

我想使用bash和awk或sed并在我的文件夹中将其作为循环运行。感谢

Answer 1

使用GNU awk（BEGINFILE可以替换为FNR==1，但我正在使用-i inplace）：

$ awk '
  BEGINFILE { split(FILENAME,f,"_") }  # split filename on _
  /^\47/ { $0=$0"-"f[1] }              # add to quote-starting records
  1' GeneName_something.fas            # output
'>Speciesa-GeneName
atgaatatagatata
'>Speciesb-GeneName
atagtagctatgat

此版本将更改的数据输出到stdout，但您可以使用awk -i inplace对文件进行现场编辑（请参阅here）。

注意，没有检查GeneName实际存在的文件名。如果它不存在，则无论如何都会添加-。

Answer 2

关注awk也可以帮助你。

解决方案1：

awk 'FNR==1{val=FILENAME;sub(/_.*/,"",val)} />Species/{$0=$0"-"val;} 1' GeneName_something.fas

解决方案第二：

awk 'FNR==1{val=FILENAME;sub(/_.*/,"",val)} />Species/{print $0"-"val;next} 1' GeneName_something.fas

在文件的标题中插入文件名的一部分

2 个答案: