Question

我有一个文件，其名称如下：

12U12345._L001_R1_001.fastq.gz

我想将变量分配给12U12345部分。

到目前为止，我有：

variable=`basename $fastq | sed {s'/_S[0-9]*_L001_R1_001.fastq.gz//'}`

注意：$fastq是一个变量，其中包含文件的完整路径。

此解决方案目前返回完整的文件名，任何想法如何做到这一点？

Answer 1

只需使用shell提供的内置参数扩展，而不是生成单独的进程

fastq="12U12345._L001_R1_001.fastq.gz"
printf '%s\n' "${fastq%%.*}"
12U12345

或使用printf()本身存储到一次性

中的新变量

printf -v numericPart '%s' "${fastq%%.*}"
printf '%s\n' "${numericPart}"

同样bash有一个内置的正则表达式比较运算符，由=~表示，您可以使用

fastq="12U12345._L001_R1_001.fastq.gz"
regex='^([[:alnum:]]+)\.(.*)'

if [[ $fastq =~ $regex ]]; then
    numericPart="${BASH_REMATCH[1]}"
    printf '%s\n' "${numericPart}"
fi

Answer 2

您可以使用cut：

$> fastq="/path/to/12U12345._L001_R1_001.fastq.gz"
$> variable=$(basename "$fastq" | cut -d '.' -f 1)
$> echo "$variable"
12U12345

另外，请注意：

最好将变量包装在引号内。否则，您的命令将无法使用包含空格的文件名。
您应该使用$()代替反对。

Answer 3

使用Bash Parameter Expansion提取基本名称，然后提取所需文件名的部分：

fastq="/path/to/12U12345._L001_R1_001.fastq.gz"
file="${fastq##*/}"  # gives 12U12345._L001_R1_001.fastq.gz
string="${file%%.*}" # gives 12U12345

请注意，Bash不允许我们嵌套参数扩展。否则，我们可以将上面的陈述2和3结合起来。

将部分文件名分配给bash变量？

3 个答案: