R中的非线性回归预测

Question

我对此警告消息感到困惑，因为我尝试使用drc软件包和drm函数将数据与非线性回归模型拟合。

我有

 N_obs <- c(1, 80, 80, 80, 81, 82, 83, 84, 84, 95, 102, 102, 102, 103, 104, 105, 105, 109, 111, 117, 120, 123, 123, 124, 126, 127, 128, 128, 129, 130)

 times <- c(3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32)

模型是

  model.drm <- drm(N_obs ~ times, data = data.frame(N_obs = N_obs, times = times), fct = MM.2())

并且警告来自预测

  preds <- predict(model.drm, times = times, interval = "confidence", level = 0.95)

There were 30 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
> warnings()
Warning messages:
1: In (tquan * sqrt(varVal + sumObjRV)) * c(-1, 1) :
Recycling array of length 1 in array-vector arithmetic is deprecated.
Use c() or as.vector() instead.
2: In (tquan * sqrt(varVal + sumObjRV)) * c(-1, 1) :
Recycling array of length 1 in array-vector arithmetic is deprecated.
Use c() or as.vector() instead.

3: In (tquan * sqrt(varVal + sumObjRV)) * c(-1, 1) :
Recycling array of length 1 in array-vector arithmetic is deprecated.
Use c() or as.vector() instead.

我一直试图通过使用as.vector（次），c（次）等来改变数据输入，但仍然无法摆脱警告。有人可以帮我找出问题吗？谢谢!!

Answer 1

我使用提供的示例数据重新运行您的分析，我可以重现您的警告。以下是摘要：

1. 填写f(x; d, e) = d * (1 + e/x)^-1表单的Michaelis-Menten model。

   # Fit a 2 parameter Michaelis-Menten model
   library(drc);
   fit <- drm(
       formula = N_obs ~ times,
       data = data.frame(N_obs = N_obs, times = times),
       fct = MM.2())
   

2. 根据模型拟合，predict原始times的响应。请注意，您可以在此处省略newdata参数，因为在这种情况下predict将只使用拟合值（基于times）。

   # Predictions
   pred <- as.data.frame(predict(
       fit,
       newdata = data.frame(N_obs = N_obs, times = times),
       interval = "confidence", level = 0.95));
   pred$times <- times;
   

3. 可视化数据和预测。

   library(tidyverse);
   data.frame(times = times, N_obs = N_obs) %>%
       ggplot(aes(times, N_obs)) +
           geom_point() +
           geom_line(data = pred, aes(x = times, y = Prediction)) +
           geom_ribbon(
               data = pred,
               aes(x = times, ymin = Lower, ymax = Upper),
               alpha = 0.4);
   



模型拟合似乎是合理的，我会说可以安全地忽略warnings（见详情）。

详细

我查看了drc源代码，警告来自201的行predict.drc.R：

retMat[rowIndex, 3:4] <- retMat[rowIndex, 1] + (tquan * sqrt(varVal + sumObjRV)) * c(-1, 1)

在该行中，将维度1的数组添加到数字向量中。

以下是重现警告的简单示例：

arr <- array(5, dim = 1);
arr + c(1, 2);
#[1] 6 7
#Warning message:
#In arr + c(1, 2) :
#  Recycling array of length 1 in array-vector arithmetic is deprecated.
#  Use c() or as.vector() instead. 

请注意，结果仍然正确;只是R不喜欢添加一维数组和向量，而是更喜欢添加适当的标量和向量，或向量和向量。