Question

我正在尝试将标题{out1.hmm，out2.hmm，...，outn.hmm}的文件转换为基于文件第三行的唯一标识符{PF12574.hmm，PF09847.hmm， PF0024.hmm}该脚本适用于单个文件，但运行以下命令后该变量不会被覆盖，只剩下一个文件：

for f in *.hmm; do output="$(sed -n '3p' < $f | awk -F ' ' '{print $2}' | cut -f1 -d '.' | cat)" | mv $f "${output}".hmm; done;

第一行将所有outn.hmms作为输入调用。第二行设置变量以返回所需的唯一标识符。 SED，AWK和CUT用于获取唯一标识符。该变量应该通过唯一标识符重命名当前文件，但变量保持锁定并覆盖以前的文件。

out1.hmm out2.hmm out3.hmm 变为 PF12574.hmm

如何覆盖变量以获得以下文件结构：

out1.hmm out2.hmm out3.hmm 变为 PF12574.hmm PF09847.hmm PF0024.hmm

Answer 1

您正在将赋值语句的空输出（名为“output”的变量）传递给mv命令。该变量尚未设置，所以我认为将会 - 一个接一个地将所有匹配* .hmm的文件重命名为名为“.hmm”的文件。

尝试ls -a，看看实际发生的是什么。

sed，awk，cut和（不需要的）cat有点多了。 awk可以满足您的所有需求。然后将mv作为单独的命令执行：

for f in *.hmm
do
  output=$(awk 'NR == 3 {print $2}' "$f")
  mv "$f" "${output%.*}.hmm"
done

请注意，上述内容不会进行任何检查以验证output是否已分配给合理的值：非空的，即正确的“标识符”等。