我有一个Jupyter笔记本，其中包含我想要放入学术论文（文本，方程式和情节）的所有内容，以及我想隐藏的代码。
是否存在以编程方式将笔记本转换为日记提交可接受的形式的方法？理想情况下，我想要knitr's functionality来创建学术风格的论文，但是对于Jupyter而不是R-focused工具。
我已经找到pandoc templates几种期刊（包括我想提交的期刊），但不清楚它与Jupyter的整合程度如何。
我还发现this描述了在纸质书写过程中使用Jupyter笔记本，但作者似乎只是用它来进行数据分析和生成图表;它也可能是一个标准的脚本。
如果尚未存在，那么为此任务制作可重复使用的工具有什么必要？ nbconvert自定义导出器是否足够，或者我是否需要完整的Jupyter扩展才能在笔记本界面中指定参考书目和绘图/表格位置？
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将您的笔记本转换为降价，然后将pandoc与过滤器（pandoc crossref和pandoc citeproc）一起使用，即可正常工作。
您需要标题，部分，交叉引用，引文，编号，图形和带有字幕的表格… 这是一个有效的工作流程： 您可以先将笔记本转换为markdown，这可以使用nbconvert轻松完成：
jupyter nbconvert --to markdown --no-prompt your_notebook.ipynb
-无提示：如果您不想在手稿中使用，将有助于删除代码单元。您也可以在最终输出中不需要的降价单元格中使用hidden cells。 然后，您需要pandoc和两个过滤器pandoc-crossref和pandoc-citeproc。我正在使用Windows和Anaconda 3进行安装：
https://anaconda.org/conda-forge/pandoc
https://anaconda.org/conda-forge/pandoc-crossref
幸运的是，通过anaconda安装pandoc也会带来pandoc-citeproc。您需要与pandoc版本（当前为pandoc 2.5）兼容的pandoc-crossref。 因此，从conda安装时，您可以使用：
conda install -c conda-forge pandoc=2.5
然后您可以简单地运行：
conda install -c conda-forge pandoc-crossref
关键在于降价语法。您必须使用markdown语法编写笔记本，这在Jupiter笔记本中仍然是默认设置。有趣的示例是here，here和here also :)。 您还需要一个.bib格式的参考文件来管理引文。 然后只需运行以下命令：
pandoc -s your_notebook.md -o your_notebook.pdf -F pandoc-crossref -F pandoc-citeproc --bibliography=your_references.bib -f markdown
您可以将整个笔记本变成精美的手稿
pandoc还有许多其他自定义选项：颜色链接，纸张尺寸，几何形状，数字部分…（请参阅pandoc –help）
因此，编写自定义的Jupiter导出器可以将这两个命令结合起来，并将笔记本作为手稿导出。