Question

我正在尝试将msigdb数据库中的数据读入我的R环境，但我无法将其读入我想要的格式。现在，当我读取其中的数据被读作类型“整数”时，我希望它作为“字符”类型或任何其他类型读入，以便当我在数据帧/矩阵之间传输数据时，我不会得到整数值对于项目而不是包含项目名称的书面信件。

df<-read.table("msigdb.v5.2.symbols.txt", fill = TRUE)

这就是我现在所拥有的，但就像我说的那样typeof(df[1,1])我得到"integer"。

总结一下：在使用应该是字符的列读取数据后，当前行为是：typeof(df[1,1)]生成"integer"。所需的行为是：typeof(df[1,1]]生成"character"

可重复的例子：

library(dplyr)
write.table(band_instruments, "test.txt")
df <- read.table("test.txt", header = TRUE)
typeof(df[1,1])
# [1] "integer"

谢谢！

Answer 1

df<-read.table("msigdb.v5.2.symbols.txt", fill = TRUE, stringsAsFactors = FALSE)

默认情况下，read.table会将所有列读为character，除非colClasses *另有说明，read.table和data.frame将字符转换为因子。当您提取因子的单个单元格时，它将显示为内部整数代码。

在stringsAsFactors = FALSE的调用中设置read.table可解决此问题。

*尽管下面有评论，但这是事实。 read.table首先将所有列作为字符读取，然后转换它们。这是在文档中，您可以从源代码中看到它。您可以使用以下代码进行确认：

write.table(mtcars, "mtcars.txt")
read.table("mtcars.txt", header = TRUE, quote = ".")
# Fails because it reads the decimals in the numeric data as quotes
# From the documentation: Quoting is only considered for columns read
# as character, which is all of them unless colClasses is specified

将数据读入R

1 个答案: