标记并为R中的MDS图添加颜色

时间:2018-03-16 16:48:40

标签: r ggplot2 mds

我使用以下代码在R中创建了MDS图:

library(ggplot2)
data<-read_csv("Uni/MSci/Project/DATA/new data sheets/comparisons/matrix for 
MDS.csv")
matrix<-data.matrix(data[2:25])

d <- dist(t(matrix))

c<-cmdscale(d, eig=TRUE,k=2)
x <- c$points[,1]
y <- c$points[,2]

mds<-plot(x, y, xlab="Coordinate 1", ylab="Coordinate 2", main="MDS")
text(x, y,labels = names(x))

我希望前12列的数据点与最后12列的颜色不同(第一列不包括在内),有没有办法可以做到这一点?

我的数据框示例如下:

All DE probes           GAc         GAs         GAt         GAcAt       
GAsAc
GENE:JGI_V11_1000360103 1.374700022 1.334393131 1.001545297 1.201249615  
1.37799781
GENE:JGI_V11_1000360203 1.123109605 1.488452974 1.115555715 1.335694066  
1.410720257
GENE:JGI_V11_1000360303 0.957649492 1.266468558 1.146132718 1.009817126  
1.287685907
GENE:JGI_V11_1000440101 0.97539842  0.95643555  0.913679292 1.005319047  
0.9977714

然而,数据框有25列(第一列是基因标签)和61,005行 - 我刚刚展示了一个小片段,以免产生脚本页面。

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