使用ggplot2在箱线图中未对齐点

Question

当我使用此数据集（download here）运行此ggplot2代码时...

ggplot(data=P4L_melt, aes(variable, y=value)) + geom_boxplot(aes(fill=Species), alpha=0.7, lwd=0.5, outlier.shape=NA) + geom_point(position=position_jitterdodge(jitter.width=0),aes(group=Species, colour=Species), alpha=0.5)

我得到这个情节：

似乎没问题。如您所见，我们有三组（红色，绿色，蓝色），各自的观察结果与箱形图重叠。

但是，如果我们关注左下角，没有红色组，我们会看到蓝色和绿色点未对齐（在DC1，DC2和DC3中）。 如何编辑代码来解决这个问题？

Answer 1

似乎geom_boxplot和position_jitterdodge对NA的处理方式不同......

这是一个（不优雅的）解决方法：

1）在你的df中创建一个列，指定点的x位置：

library(ggplot2)
P4L_melt <- read.table('P4L_melt.txt')

P4L_melt$x <- as.numeric(gsub('DC', '', P4L_melt$variable))
P4L_melt$variable <- factor(P4L_melt$variable, levels = paste('DC', unique(P4L_melt$x), sep=''))
P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='A'] <- P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='A'] - 0.25
P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='C'] <- P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='C'] + 0.25
P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='B'&P4L_melt$variable%in%c('DC1', 'DC2', 'DC3')] <- P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='B'&P4L_melt$variable%in%c('DC1', 'DC2', 'DC3')] - 0.2
P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='C'&P4L_melt$variable%in%c('DC1', 'DC2', 'DC3')] <- P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='C'&P4L_melt$variable%in%c('DC1', 'DC2', 'DC3')] - 0.05

2）将该列用作geom_point中的x位置

ggplot(data=P4L_melt, aes(variable, y=value)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=Species), alpha=0.7, lwd=0.5, outlier.shape=NA) + 
  geom_point(aes(x=x, group=Species, colour=Species), alpha=0.5) 

Answer 2

好的，这是另一次尝试，也许是在顶部：）

1） 安装最新的ggplot2版本：

install.packages('tidyverse')
library('tidyverse')

2） 从我的github下载我的修改版本的position-dodge2.r及其依赖项position-collide.r

3） 将这些文件放在项目的工作目录中，并且：

source('position-collide.R')
source('position-dodge2.R')

4）现在这段代码可以给你你想要的东西!!

ggplot(data=P4L_melt, aes(variable, y=value)) +
  geom_boxplot(aes(fill=Species), alpha=0.7) +
  geom_point(aes(colour=Species), position=position_dodge2(width=0.75), alpha=0.5)