用于处理来自两个输入文件

Question

我有大量的fastq文件用于~100个样本（每个样本两个：reads1和reads2）。对于每个样本，我需要将两个fastq文件输入到Prinseq，一个perl程序。理想情况下，这对于所有样本的shell脚本都很好，所以我不必手动调用该程序100次，但我不知道如何指示两个输入文件，只有一个（即，对于我在* .fastq;做[perl命令];完成）。如果有帮助，Prinseq命令格式如下：

  

perl prinseq-lite.pl -fastq [reads1的文件] -fastq2 [file for   reads2] -derep [options]

这可能是一个非常简单的答案，但我无法找到它。

Answer 1

您可以遍历所有R1个文件并使用parameter expansion来切断R1_001.fastq部分（并将其替换为R2版本）：

for i in *_R1_001.fastq; do
    perl prinseq-lite.pl -fastq "$i" -fastq2 "${i%R1_001.fastq}R2_001.fastq"
done