Question

我现在已经可以在我的Mac OS X 10.6机器上正常工作，这样我就可以创建具有Sweave的漂亮的LaTeX文档，其中包括R代码，输出和LaTeX格式的片段。不幸的是，我觉得我的工作流程有点笨拙而效率低下：

使用TextWrangler，我在一个.Rnw文件中将LaTeX代码和R代码（由＆lt;＆lt;＆gt;＆gt; =上面和@下面的R代码块）包围在一起。
保存更改后，我使用Sweave命令从R调用.Rnw文件
```
Sweave(file="/Users/mymachine/Documents/Assign4.Rnw", 
        syntax="SweaveSyntaxNoweb")
```
作为回应，R输出以下消息：

您现在可以在'Assign4.tex'上运行LaTeX

然后我在R目录中找到.tex文件（Assign4.tex）并将其复制到我的文档~/Documents/中的文件夹，其中.Rnw文件就位（将所有内容保存在一个位置）
然后我在TeXShop中打开.tex文件（例如Assign4.tex）并将其编译成pdf格式。只有在这一点上，我才能看到我对文档所做的任何更改，看看它是否“看起来不错”。

有没有办法可以通过一键点击来编译所有内容？具体来说，直接从TextWrangler或TeXShop调用Sweave / R会很不错。我怀疑有可能在终端编写脚本来执行此操作，但我没有使用终端的经验。

如果我能采取其他任何措施来简化或改善我的工作流程，请告诉我。

Answer 1

我使用以下表格的Makefile作为我的Sweave文档：

pdf: myfile.tex
    R CMD texi2pdf myfile.tex

myfile.tex: myfile.Rnw
    R CMD Sweave myfile.Rnw

然后我可以通过运行命令make pdf

在Mac OS终端中一步构建文档

我确信有一种方法可以让它更接近Mac OS X中的一键式目标，但这对我来说效果不错。

Answer 2

使用Gregor Gorjanc的Sweave.sh脚本在TeXShop中轻松实现一键式Sweaving。从http://cran.r-project.org/contrib/extra/scripts/Sweave.sh获取并将其放入~/Library/TeXShop/bin/文件夹。

然后将以下文件添加到~/Library/TeXShop/engines/文件夹：

作为Sweave.engine：

#!/bin/bash
~/Library/TeXShop/bin/Sweave.sh  -ld "$1"

作为SweaveNoClean.engine：

#!/bin/bash
~/Library/TeXShop/bin/Sweave.sh  -nc -ld "$1"

您必须设置Sweave.sh和两个引擎文件的权限才能执行。

要单击一下，在添加这些文件后重新启动TeXShop，打开Sweave文档（带有Rnw扩展名），然后在文档窗口上方的下拉菜单中，将其从LaTeX更改为Sweave或SweaveNoClean。

当心：“Sweave”选项将自行清理，删除LaTeX和Sweave创建的所有额外文件。如果您的文件名为myfile.Rnw，则会包含名为myfile.R和myfile.tex的文件。所以明智的一句话：确保你的Rnw文件的基名是唯一的;然后没有任何意外的事情会被写下来然后删除。

SweaveNoClean选项不会自行清理。这样可以确保您不会删除任何意外的内容;虽然如果你编写一个myfile.Rnw它仍然可以写一个名为myfile.tex的文件。这也不会删除任何已创建的图形，以防您想要将它们与完整的排版文档分开。

Answer 3

在bash shell命令行上：

R CMD Sweave foo.Rnw && pdflatex foo.tex

运行Sweave，如果成功，则继续执行pdflatex。 Out pops pdf。如果你已经在bash终端中获得了这个，那么只需按下向上箭头即可将其恢复并再次执行。然后再次。再一次。

Makefile解决方案也很好。

Answer 4

RStudio有一个按钮可以一次完成。需要注意的是，它在自己的会话中运行，因此您可能设置的任何工作空间变量都将被忽略。

the compile button

Answer 5

请注意：您实际上可以使用texi2dvi（在工具包中）直接从R调用pdflatex等内容。例如：

Sweave(file="/Users/mymachine/Documents/Assign4.Rnw")

texi2pdf("Assign4.tex")

将您的Rnw文件编译为pdf。因此，无需离开R来处理tex-＆gt; pdf步骤。

Answer 6

我将这些（保存为sweave.engine和sweavebibtex.engine）用于texshop中的自定义引擎。我通常在R中编写代码块，然后将块复制到我在texshop中打开的rnw文件中。我喜欢一个解决方案，它允许我在同一个文档（不是emacs）中对R和tex进行语法高亮和拼写校正。

#!/bin/bash
echo 'SWEAVE | PDFLATEX. Custom engine--Akasurak-16Nov2009'
export PATH=$PATH:/usr/texbin:/usr/local/bin
R CMD Sweave "$1"
pdflatex "${1%.*}"

和第二个，也是为了做bibtex：

#!/bin/bash
date
before="$(date +%s)"
echo 'SWEAVE | PDFLATEX | BIBTEX | PDFLATEX | PDFLATEX. Custom engine--Akasurak-16Nov2009'
#Updated 20Jul2010 for auto including Sweave.sty


export PATH=$PATH:/usr/texbin:/usr/local/bin

R CMD Sweave "$1"
R CMD pdflatex "${1%.*}"
bibtex  "${1%.*}.aux"
R CMD pdflatex "${1%.*}"
R CMD pdflatex "${1%.*}"


after="$(date +%s)"
elapsed_seconds="$(expr $after - $before)"
date
echo Elapsed time '(m:s)': $(date -r $elapsed_seconds +%M:%S)

不能说他们是最好的做事方式，但他们确实有效。

Answer 7

我使用Aquamacs或Eclipse来编辑.Rnw文件，然后我使用以下shell函数来编译＆amp;查看它：

sweaveCache () {
  Rscript -e "library(cacheSweave); setCacheDir(getwd()); 
    Sweave('$1.Rnw', driver = cacheSweaveDriver)" && 
  pdflatex --shell-escape $1.tex && 
  open $1.pdf
}

请注意，我正在使用cacheSweave驱动程序，这有助于避免不断重新执行需要很长时间才能运行的代码段。

顺便说一句，我也试图切换到Babel而不是Sweave;不知道我最终会更频繁地使用它，但肯定有我喜欢的Babel方面。

Answer 8

最好的解决方案是：为TeXShop创建一个新的* .engine，然后使用快捷方式或1按钮进行排版。

http://cameron.bracken.bz/sweave-for-texshop

Cameron也非常敏感，所以我强烈推荐他的解决方案。

Answer 9

如果您愿意切换到（付费）解决方案，TextMate有一个Sweave插件，可以一步一步将.Rnw带到PDF：Sweave，typeset和view。结合Skim，可以配置为重新加载PDF，它可以很容易地调整文件。

Answer 10

我有同样的问题（我使用Mac OSX），我选择下载Eclipse Classic 3.6.2。然后安装了StatET插件。设置它有点毛茸茸但是一旦你做这个环境很好，因为你可以使用pdflatex一键编译你的.Rwn Sweave文档并为你最喜欢的查看器设置选项，这样当你编译时会自动弹出.pdf在TeXShop中。您也可以在TeXShop中执行此操作，但TeXShop对于调试.Rnw文件很糟糕，并且它不会突出显示.Rwn文件中的R代码。在Eclipse中，您可以自定义语法高亮（不是Texclipse结尾的最佳语法，但确定），以便您可以轻松区分R和LaTeX代码。您还可以从Eclipse中启动R控制台，它具有图形对象浏览器。无论如何，我可以继续。如果您需要有关如何安装所有内容的详细信息，请给我留言。

Answer 11

猜猜我参加派对已经迟到了，但是我整理了一个网页，记录了我基于Eclipse的Sweave工作流程（带一键式sweave）：

http://www.stanford.edu/~messing/ComputationalSocialScienceWorkflow.html

更高效的R / Sweave / TeXShop工作流程？

11 个答案: