Question

我试图从2000x2000矩阵（bigger_matrix）中提取许多不同的单个点。我不需要所有矩阵（所以我不能使用melt）但我需要提取特定实例并将其存储在新的预先指定的数据帧（output_data_frame）中。目前我这是一个循环i R：

#example data
bigger_matrix=matrix(0,nrow =5,ncol=5)
rownames(bigger_matrix)=c('10001','10002','10009','100101467','10011')
colnames(bigger_matrix)=c('10001','10002','10009','100101467','10011')
output_data_frame=data.frame(nrow=7)
output_data_frame$Var1=c("10002",'10009','100101467','100129543','100129842','100131017','100131827')

output_data_frame $ VAR2 = C（＆＃34; 10001＆＃34;＆＃34; 10001＆＃34;＆＃34; 10001＆＃34;＆＃34; 10001＆＃34;＆＃34; 10001＆＃34;＆＃34; 10001＆＃34;＆＃34; 10001＆＃34）

for (i in 1:nrow(output_data_frame)){
    p1=as.character(output_data_frame[i,1])
    p2=as.character(output_data_frame[i,2])
    output_data_framef[i,'value']=bigger_matrix[p1,p2]
    #count to monitor progress
    print(count)
    count=count+1
}

此程序非常慢。有谁知道如何更有效地做到这一点？

修改 output_data_frame看起来像这样（我想填写NA s）

row.names   Var1    Var2    value   
1   1   10002   10001   NA  
2   2   10009   10001   NA  
3   3   100101467   10001   NA  
4   5   100129543   10001   NA
5   6   100129842   10001   NA
6   7   100131017   10001   NA
7   8   100131827   10001   NA

bigger_matrix看起来像这样：

row.names   10001   10002   10009   100101467   10011
1   10001   0   0   0   0   0
2   10002   0   0   0   0   0
3   10009   0   0   0   0   0
4   100101467   0   0   0   0   0
5   10011   0   0   0   0   0

Answer 1

您应该阅读Extract手册页。假设您只使用矩阵中实际存在的行名和列名（与您的示例不同），您可以直接提取值：

x <- matrix(1:25, 5, 5)
colnames(x) <- as.character(1:5)
rownames(x) <- as.character(1:5)
x
#   1  2  3  4  5
# 1 1  6 11 16 21
# 2 2  7 12 17 22
# 3 3  8 13 18 23
# 4 4  9 14 19 24
# 5 5 10 15 20 25
rows <- c("1", "1", "3", "5")
cols <-c("5", "4", "1", "2")
idx <- cbind(rows, cols)
valx <- x[idx]
data.frame(rows, cols, valx)
  rows cols valx
# 1    1    5   21
# 2    1    4   16
# 3    3    1    3
# 4    5    2   10

从矩阵中有效提取特定数据

1 个答案: