Question

我在运行现有的Jupyter Notebook文件时遇到以下错误

The history saving thread hit an unexpected error (OperationalError('disk I/O error',)).History will not be written to the database.

从此以后，笔记本中的剩余代码会在此之后正常执行。但是，当我尝试创建新的笔记本文件时，此错误不允许我创建它，我收到以下错误：

Error while saving file: python_notebook_ollie/Untitled2.ipynb disk I/O error
Traceback (most recent call last):
  File "/work/ollie/muali/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/notebook/services/contents/filemanager.py", line 421, in save
    self.check_and_sign(nb, path)
  File "/work/ollie/muali/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/notebook/services/contents/manager.py", line 440, in check_and_sign
    self.notary.sign(nb)
  File "/work/ollie/muali/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/nbformat/sign.py", line 449, in sign
    self.store.store_signature(signature, self.algorithm)
  File "/work/ollie/muali/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/nbformat/sign.py", line 207, in store_signature
    if not self.check_signature(digest, algorithm):
  File "/work/ollie/muali/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/nbformat/sign.py", line 241, in check_signature
    self.db.commit()
sqlite3.OperationalError: disk I/O error
[W 15:08:48.093 NotebookApp] Unexpected error while saving file: python_notebook_ollie/Untitled2.ipynb disk I/O error
[E 15:08:48.094 NotebookApp] {
  "Host": "localhost:15695",
  "User-Agent": "Mozilla/5.0 (X11; Ubuntu; Linux x86_64; rv:58.0) Gecko/20100101 Firefox/58.0",
  "Accept": "application/json, text/javascript, */*; q=0.01",
  "Accept-Language": "en-US,en;q=0.5",
  "Accept-Encoding": "gzip, deflate",
  "Referer": "http://localhost:15695/notebooks/python_notebook_ollie/Traj_case_study.ipynb",
  "Content-Type": "application/json",
  "X-Xsrftoken": "2|96ae1fed|bde68f8333dd4b46b900b02246747fa4|1520496687",
  "X-Requested-With": "XMLHttpRequest",
  "Content-Length": "19",
  "Cookie": "_xsrf=2|96ae1fed|bde68f8333dd4b46b900b02246747fa4|1520496687; username-localhost-15695=\"2|1:0|10:1520518043|24:username-localhost-15695|44:NjE5MWZlMWIzMjdmNGE2N2FlZmQ3NmE3NzRlNmNiZmQ=|8062f4c541e5dcef0d8b4a2d7e75cc59f1d27197ac4633b9da64b7bb94aae7a4\"",
  "Connection": "keep-alive"
}

我尝试按照此answer删除了history.sqlite文件，但仍然遇到了磁盘I / O错误。

github上的一些线程说基于NFS的mount可能会产生一些问题但是在过去它工作正常直到我升级了我的matplotlib软件包。我现在已经降级了这个软件包但是我仍然可以＆＃39;摆脱错误。

编辑：打开.ipynb文件时终端上显示的第一个错误是

The signatures database cannot be opened; maybe it is corrupted or  

encrypted. You may need to rerun your notebooks to ensure that they are trusted to run Javascript. The old signatures database has been renamed to ~/.local/share/jupyter/nbsignatures.db.bak and a new one has been created.

Answer 1

我能够让它发挥作用，所以我会发布我的所作所为。我认为问题的原因是SQLite锁定在NFS文件系统上无法可靠地工作，如link所述。

答案也在那里，我将在这里更详细地写下这些步骤：

基本上，必须为ipython创建新配置或修改现有配置。名为ipython_config.py的配置文件可以在〜/ .ipython / profile_default中找到

如果配置文件默认不存在，则可以通过在主目录中键入以下内容来创建配置文件

ipython profile create

这将在〜/ .ipython / profile_default下创建配置文件。打开ipython_config.py并添加以下行：

c = get_config() #gets the configuration
c.HistoryManager.hist_file='/tmp/ipython_hist.sqlite' #changes history file writing to tmp folder

保存并重新打开内核，它现在应该可以正常工作。有关修改配置的更多详细信息，请参见here

如果配置文件已存在，则只需输入终端

即可

ipython --HistoryManager.hist_file='/tmp/ipython_hist.sqlite'

这也应该有用。

Answer 2

我按照上面的步骤进行操作，不确定是哪里出了问题，但这完全使Jupyter实验室瘫痪（print("hello")花费了大约30秒的渲染时间。）

就我而言，我认为最初的问题是由于历史记录已损坏（~/.ipython/profile_default/的文件名为history-corrupt-*并带有当前时间戳）引起的。我通过删除每个Ankit的答案here中的~/.ipython/profile_default/history.sqlite来清除历史记录，从而解决了问题。

N.B：我还删除了在上述过程中创建的config文件。

Answer 3

检查您的主磁盘配额，也许已满。

对于我来说，我在家庭配额有限的服务器上运行jupyter。并且发现，~/.cache/pip每天都在使用点子，因此变得非常大。也许我没有空间写到主目录。

因此，我删除了~/.cache/pip，然后重新启动jupyter。一切正常

Jupyter Notebook :( OperationalError（＆＃39;磁盘I / O错误＆＃39;，））

3 个答案: