手动绘制图形并导入到NetworkX中

Question

我想手动勾画出一个图形拓扑（字面意思是指向和点击），然后使用该草图使用Python的Graph库创建一个NetworkX对象，最好（尽管不是绝对必要的） ）在Windows环境中。

在Inkscape中绘制图形可能会有效，然后解析xml文件以创建NetworkX Graph;但这看起来很笨重。有一个更好的方法吗？

Answer 1

我维护了一个交互式图表绘图库，它有一些支持这样做。它被称为netgraph，你可以在github找到它或通过pip安装它。该项目最初是作为networkx绘图工具的一个分支（这不足以满足我的需求），因此API非常相似。

MWE：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import networkx

from netgraph import InteractivelyConstructDestroyGraph

# initialise figure
fig, ax = plt.subplots()

# set size of axis to draw on
ax.set(xlim=[-2, 2], ylim=[-2, 2])

# initialise graph;
# netgraph supports many graph input formats but an empty graph is not one of them;
# hence we pass in a single edge in an edge list format
g = InteractivelyConstructDestroyGraph([(0, 1)], draw_arrows=True, ax=ax)
plt.show()

# manipulate graph:
#   Pressing 'A' will add a node to the graph.
#   Pressing 'D' will remove a selected node.
#   Pressing 'a' will add edges between all selected nodes.
#   Pressing 'd' will remove edges between all selected nodes.
#   Pressing 'r' will reverse the direction of edges between all selected nodes.
#   Nodes can be selected and moved using the mouse.

# get current edge list
edge_list = g.edge_list

# get current node positions, which is a dict int node : (float x, float y) (same format as in networkx)
node_positions = g.node_positions

# create graph in networkx
G = networkx.Graph()
G.add_edges_from(edge_list)

# reproduce plot in networkx
networkx.draw(G, pos=node_positions)
plt.show()

注意

代码库的这一部分仍然相当......实验性的（当我看到你的问题时，我只是合并并上传了相关的部分）。因此，任何错误报告都特别受欢迎。 ;-)

Answer 2

关注NetworkX's docs，提到“Cytoscape，Gephi，Graphviz和LaTeX排版，PGF / TikZ”。

我正在尝试Gephi，这似乎与我想要的非常接近，虽然有点滞后。