Question

我有几个数据集，每个数据集都有一个共同的分组因子。我想为每个分组因子生成一个包含单独部分的大型报告。因此，我想为分组因子的每次迭代重新运行一组rmarkdown代码。

使用here中的以下方法对我无效。即：

---
title: "Untitled"
author: "Author"
output: html_document
---


```{r, results='asis'}
for (i in 1:2){
cat('\n')  
cat("#This is a heading for ", i, "\n") 
hist(cars[,i])
cat('\n') 
}
```

因为我想在每个分组因子上运行的降价不容易适合一个代码块。报告必须按分组因子排序，我希望能够在分组因子的每次迭代中进出代码块。

因此，我使用Rscript中的循环调用Rmd.来渲染每个分组因子here：

# run a markdown file to summarise each one.
for(each_group in the_groups){
render("/Users/path/xx.Rmd",
       output_format = "pdf_document",
       output_file =  paste0(each_group,"_report_", Sys.Date(),".pdf"), 
       output_dir = "/Users/path/folder")
}

我的计划是将各个报告与pdftk合并。但是，当我进入大约第5次迭代时，我的Rstudio会话挂起并最终以致命错误中止。我已单独运行Rmd.，因为它停止的分组因子工作正常。

我使用以下简单的测试文件测试了一些循环：

.R

# load packages
library(knitr)
library(markdown)
library(rmarkdown)

# use first 5 rows of mtcars as example data
mtcars <- mtcars[1:5,]


# for each type of car in the data create a report
# these reports are saved in output_dir with the name specified by output_file
for (car in rep(unique(rownames(mtcars)), 100)){
  # for pdf reports  
  rmarkdown::render(input = "/Users/xx/Desktop/2.Rmd", 
                    output_format = "pdf_document",
                    output_file = paste("test_report_", car, Sys.Date(), ".pdf", sep=''),
                    output_dir = "/Users/xx/Desktop")

}

.Rmd

```{r, include = FALSE}
# packages
library(knitr)
library(markdown)
library(rmarkdown)
library(tidyr)
library(dplyr)
library(ggplot2)
```

```{r}
# limit data to car name that is currently specified by the loop  
cars <- mtcars[rownames(mtcars)==car,]

# create example data for each car 
x <- sample(1:10, 1)
cars <- do.call("rbind", replicate(x, cars, simplify = FALSE))

# create hypotheical lat and lon for each row in cars 
cars$lat <- sapply(rownames(cars), function(x) round(runif(1, 30, 46), 3))
cars$lon <- sapply(rownames(cars), function(x) round(runif(1, -115, -80),3))

cars
```

Today is `r Sys.Date()`.

```{r}
# data table of cars sold 
table <- xtable(cars[,c(1:2, 12:13)])
print(table, type="latex", comment = FALSE)
```

这很好用。所以我在Rmd.上运行我的实际循环时也看到了内存压力，这个循环非常高。

在循环调用Rmd.文件的渲染时，有没有办法减少内存？
是否有更好的方法为多个分组因子创建报告，而不是循环遍历Rmd.文件的渲染调用，这不依赖于整个循环位于一个代码块内？

Answer 1

在rmarkdown::render() in a loop - cannot allocate vector of size

处找到了解决方案

knitr :: knit_meta（class = NULL，clean = TRUE）

在渲染行之前使用此行，看来可行

Answer 2

我现在正在处理同样的问题，而且非常令人困惑。我试图创建一些简单的MWE，但它们偶尔成功循环。到目前为止，我已经尝试了

检查 rmarkdown :: render 的迭代之间的垃圾收集。（他们没有透露任何特殊的积累。）
删除所有不必要的对象
手动删除任何缓存文件

这是我的问题：

我们如何调试挂起？我们应该设置特殊的日志文件来了解出了什么问题吗？

rstudio挂起并以rmarkdown循环中止

2 个答案: